清乾隆四十九年（公元1785年），噶玛噶举红帽系第十世活佛确朱嘉措外逃到廓尔喀国（今尼泊尔），并挑唆廓尔喀国王发兵西藏。廓尔喀人第一次侵藏获利不多，到乾隆五十六年，廓尔喀兵再次入侵西藏，将扎什伦布寺洗掠一空后，又攻打日喀则宗城堡。乾隆皇帝派嘉勇公福康安为大将军，率兵入藏，由日喀则一路南下，将廓尔喀兵逐出西藏，并挟军威，一路扫荡，最后兵临廓尔喀首都加德满都城下。廓尔喀国王投降，并将确朱嘉措的尸骨、妻小及掠去的扎什伦布寺部分财物一并送至福康安军前，表示永不敢犯边界，还许诺向大清国五年一朝贡。
福康安班师西藏后，按乾隆皇帝旨意对西藏事务进行了整饬，严惩确朱嘉措的叛国行为，废除了噶玛噶举红帽系活佛转世，查抄了该系的寺庙和财产，并强令其所属百余名红帽喇嘛改奉黄教。从此，噶玛噶举红帽系在西藏销声匿迹，不复存在。为使西藏长治久安，对外不受外人侵扰，对内治理有法可依，乾隆皇帝派人与达赖、班禅的僧俗要员商议，制订出《钦定二十九条章程》。该章程使清王朝治理西藏的制度更加完善，得到西藏上层由衷地拥护。
金瓶掣签制度就源于此
