在日本长达两百多年的锁国期间，世界发生了巨变。随着资本主义工业的发展，西方列强怀着谋求海外市场与原料的共同目标，将殖民扩张的触角伸向远东。日本位居远东航线的末端，具有重要的战略地位。从18世纪中叶起，日本就开始进入列强的扩张视野，边警频仍。
最早打破日本锁国之梦的西方列强，“既非美国，亦非英国，而实为俄国”。沙俄东邻日本，是西方列强中向日本伸手最早的国家，早在18世纪初叶就开始不断向千岛群岛扩张势力，酿成了日本延续至今的北方领土问题。沙俄率先向日本叩关是在1792年，拉克斯曼奉俄女皇卡特琳二世之命，携西伯利亚总督函及价值两千卢布的“礼物”，并以护送因海难漂流到俄国的几名日本人为名，乘“卡塔琳娜号”轮船从鄂霍次克出发，抵达日本北海道的根室，要求开港通商。此行未获成果，十一年之后（1804年）沙俄又遣特命全权使节雷扎诺夫赴日交涉。雷氏率舰开进长崎，递交了沙皇国书，要求通商。但幕府以不能违背锁国祖法而予以拒绝。1812年因拿破仑进攻莫斯科，沙俄无暇东顾，但日本的“北边之警”从未停息。
当时的“世界霸主”英国也多次试图入侵日本。1808年，挂荷兰国旗的英国军舰“菲顿”号闯入长崎港。1813年企图夺取荷兰在日本出岛的商馆，未能如愿。1818年，英船驶入浦贺港要求通商，遭到幕府拒绝。1824年英国船员携枪在水户藩常陆大津滨登陆，要求通商，与藩兵发生冲突。同年，英船停泊萨藩宝岛，射杀水牛，并与岛民发生流血冲突。因此，幕府在1825年发布“异国船驱逐令”，命令对靠近日本海岸的外国船只一律开炮驱逐，强行登岸者捕杀不殆。
当时英国正值维多利亚王朝的鼎盛期，为阻止沙俄势力南侵，1853年全力投入克里木战争。而美国却随着1848年占领加利福尼亚，横断太平洋的东方贸易之梦想成为可能。限于轮船的续航能力，需设立中继站。另外活跃的捕鲸业也急需补给基地。日本自然就成为美国扩张的理想目标。多次遣使要求建交均遭拒绝后，美国决意诉诸武力。于是后进的美国，成为了西方列强中强迫日本开国的急先锋。
1840年英国通过鸦片战争迫使中国开国的消息，震惊了日本朝野上下。
长崎的町年寄 [1] 高岛秋帆最先做出反应，他向幕府提交了关于改进炮术以加强武备的意见书。 [2] 围绕该意见书，形成了改革与保守之争。保守派认为：清朝在鸦片战争中惨败的原因在于两百余年歌舞升平造成武备松弛所致，日本若贸然采用西方炮术，只会迎合俗人好新之弊、学者好奇之病，最终导致“平日风俗习尚”的变革，为害非浅。改革派则针锋相对地指出：中国兵败之情由，是由此种空论所招致。幕府老中水野忠邦认为，鸦片战争“虽为外国之事，但足为我国之戒”。他接到高岛秋帆的意见书后，对高岛颇为赏识，将其提拔为与力 [3] ，并召至江户，传授西方炮术。幕府于1842年7月23日，下令废“异国船驱逐令”，改行“薪水给予令”。与此同时，《中英南京条约》签署，中日两国不约而同地被迫修改锁国政策。
鸦片战争在日本知识界也掀起了波澜。中国知识分子所写的一批介绍鸦片战争和世界史地的书籍，通过中国商船源源流入日本，广为流传。其中最引人注目的是魏源的《海国图志》，被誉为“天下武夫比独之书”。自1851年传入，即被翻刻，至1856年各种翻刻本竟达二十二种。正如梁启超所说：“其术在今日之中国，不过束阁覆瓿之价值。然日本之佐久间象山、吉田松阴、西乡隆盛辈，皆为此书所刺激，间接以演尊攘维新之活剧” [4] 。
1853年，美国总统米勒德菲尔莫尔派东印度舰队司令官培理率军舰四艘，士兵560人，于6月3日闯入日本浦贺港，并致国书，要求开港通商。培理行前接受了美国国务院的三项指令，要求就以下内容与日本政府达成协议：（一）签订有关救护海上遇难的美国船员的长期协定；（二）日本为美国船只提供补给煤水粮食的港口和补给站；（三）日本对美开放通商口岸。此外，为促使日本打消顾虑从速开国，培理还需向日本说明：随着美国国力日趋强盛与东亚关系的日益密切，日本继续保持锁国是错误的；美国与英国在亚洲的扩张活动毫无瓜葛。但若和平谈判无法奏效，应以武力为后盾，表明强硬态度。
浦贺当局拒不受理美国总统国书，要求依照日本国法，开往长崎。培理断然拒绝，派遣“密西西比”号入江户湾测量水深进行示威，声称：“若不受理国书，舰队就开进江户与将军直接谈判，否则万一开战，美国必胜，那时可执白旗来见。”幕府屈服于威压，不得不在浦贺附近的久里滨收下美国国书，约以明年答复。培理无视幕府旋即离去的请求，命舰队开至羽田附近示威，直指江户，江户市内群情哗然。不过培理明白要幕府迅速回复是困难的，加之在琉球另有紧急任务，遂声言明年春天前来听取答复，遂撤离日本。坚守２００余年的锁国体制危在旦夕。
由于美国军舰船身漆成黑色，以蒸汽为动力，冒着黑烟，因此日本人把培理舰队的叩关通称为“黑船事件”。
1854年1月，培理又率舰7艘再次开进浦贺湾，停泊于神奈川河口，以武力胁迫幕府谈判签约。结果于3月3日签订了《日美亲善条约》，通称《日美神奈川条约》。翌年2月在下田交换批准手续后正式生效。这是日本同外国签订的第一个近代的国际条约。
日美神奈川条约共有正文12条和附录13条。条约规定：日本对美开放下田、箱馆函馆两港，并允许美国在两港设驻日领事；供应美国船只水、燃料、粮食及其它必需品，价格由日方规定；日本须救护并优待美国遇难船只；给与美国最惠国待遇等。这样，下田港就成了美国开辟横渡太平洋航线的中继站，箱馆变成了美国在北太平洋捕鲸船的一个基地。美国通过《日美亲善条约》的签订，迫使日本走出了开国的第一步，大体完成了其扩张目标。培理曾如此评价过《日美亲善条约》：“虽然是初步的，但对于今后将与日本政府建立的通商协定，却是最重要的一步。” [5]
之后，英、俄、荷等国均援引美国先例，陆续胁迫幕府签订了类似“亲善条约”。日英条约较日美条约简单，要求开放长崎和箱馆两港。日荷条约主要确认其在日的既得利益，并在此基础上放宽限制。荷兰在日本长达２００年的锁国期间，独占对日贸易，但仅限于出岛一处。因此乘签约之机，荷兰要求享受同等待遇，开放长崎、下田、箱馆三港。日俄条约与众不同，在要求开港的同时要求享有治外法权，并提出了划定北方领土边界问题。定边界于择捉岛与得抚岛之间，库页岛为日俄共管。至此日本锁国体制崩溃。
据《日美亲善条约》，美国派遣了第一任驻日使节、总领事哈里斯，其主要使命就是在亲善条约的基础上，进一步推进与日本缔结通商条约。哈里斯在中国宁波担任过代理领事，并曾将不平等条约强加给泰国，是一个具有殖民侵略经验的“东方通”。时逢中国遭遇第二次鸦片战争，于是他不失时机，对幕府软硬兼施，以武力相威胁，最终于1858年6月1９日在神奈川海面停泊的美国“波瓦坦”号军舰上签订了《日美友好通商条约》（亦称《江户条约》），条约共１４条，附《贸易章程》７则。
条约的主要内容有：限期开放神奈川、长崎、兵库、新泻、箱馆五口及江户、大阪两处通商；允许在开港地设立出入自由的“居留地”，享有居住买地盖房信教等自由；美国在日本有贸易自由和领事裁判权；确定了进出口商品的四类关税率，即外国人旅居日本所持金银及生活用品免税，输入酒类纳税35%，造船、捕鲸用具、蒸汽机械、铅、锡、马口铁、煤炭、丝绸、木材以及米面食品等纳税5%，其余皆20%。除金银货币和棒铜外，日本产品的输出税为5%。改变税率须在神奈川开港五年后双方“协商”解决。
接着幕府又相继与荷、俄、英、法签订了同样的通商条约，史称《安政五国条约》。在“亲善”“友好”的名义下，日本陷入了半殖民地的地位。最具殖民侵略的代表性条款就是关税协定和领事裁判权。《安政条约》的关税协定使日本失去了保护本国工商业的自主权；领事裁判权则侵犯了日本的司法自主权，袒护了外国人躲避日本法律的制裁。
随着日本锁国体制的崩溃，幕府独裁统治日趋动摇。幕府原本一直架空天皇，对各藩、尤其是“外样”大名则加以限制，以防尾大不掉。然“黑船事件”之后，束手无策的幕府竟破天荒地向天皇及诸大名征询对策，企图借助天皇“神威”摆脱困境，并调整与诸藩的关系以获得实力派大名的协助。从此天皇与雄藩得到了干预国政的权力。1858年起，围绕将军继嗣问题，雄藩改革派与幕府保守派之间的斗争也日渐激烈。改革派（亦称一桥派）以主张限制幕府独裁实行强藩和议制的越前藩主松平庆永、萨摩藩主岛津齐彬为首，以才智、年龄为理由，推选一桥家的德川庆喜（1837~1913，原为水户藩藩主德川齐昭之子，过继给一桥家）。保守派（亦称南纪派）以维护幕府独裁的谱代大名彦根藩藩主井伊直弼为首，主张按血缘关系，推选年方十二岁的纪伊藩藩主德川庆福（1846——1866）。这时，业经议定的《日美通商条约》也遭到了改革派的反对。两派就“将军继嗣”和“条约批准”问题，不约而同想得到天皇的支持。于是在外来压力下，“尊皇攘夷”势力崭露头角，日后逐步演变成倒幕的一面大旗。
1858年4月，保守派为维护幕府统治，由井伊直弼出任幕府大老，并于6月19日不待“敕许”，断然签订了《日美友好通商条约》。6月25日又宣布德川庆福为将军继承人。并以将军名义勒令水户、尾张、越前三藩藩主隐退。“一桥派”指责幕府专权，“违敕”签约、迫害三家，策动公卿以天皇名义下密诏给水户等藩，企图推翻井伊直弼的统治，将政权移交德川齐昭父子。井伊直弼对此采取了高压手段，于9月初开始大肆搜捕，首先逮捕了尊攘派著名领袖梅田云滨、吉田松阴等人，兴起了“安政大狱”。次年，梅田云滨死于狱中，吉田松阴、桥本左内、赖三树三郎等被斩，水户藩家老安岛带刀等四人被迫切腹或问死，四名皇家公卿被勒令“辞官”或“落饰”（出家）。遭迫害者近百人，其中四分之一遇害。
安政大狱之后，尽管皇室公卿和藩主鼓吹“公武合体”，许多尊攘志士充分认识了幕府的反动与诸侯大名的无用，开始产生了倒幕维新思想。正如吉田松阴在狱中所写的《草莽崛起论》中所阐述的那样：“今日之幕府、诸侯皆已为醉人，无扶持之术，非草莽崛起之人无所望矣。” [6]
面对井伊的高压政策，在京都的萨、长、土、越前和水户的藩士，经过多次秘密磋商，决定督促萨摩藩主率兵东上，改造幕府，实行攘夷；同时制定暗杀大老井伊直弼的计划。1860年３月24日黎明前，江户城雨雪霏霏，在爱宕山上集合起来的18名志士——水户藩士17人和萨摩藩士1人，于上午8时以城楼的鼓声为信号，利用井伊为庆贺上巳佳节而坐轿登城的机会，在樱田门外，成功地袭击了由60名武装卫队护卫的井伊直弼，砍下了这个幕府大老的首级。史称“樱田门事件”。暗杀志士自称“草莽”，在其随身携带的《斩奸旨趣书》中痛斥井伊罪大恶极，“其中犹以对于外虏，为其凶猛之虚声恫吓所惊恐，酿成神州之大害”，并“玷污国体，使圣虑烦恼，又违背敕意，横生奸计，实可谓天下之大罪人”。同时强调他们“与官方（幕府）毫无敌对之意，……无论依法受何种处置，均无怨恨”。 [7]
由此可见，此次有组织的暗杀活动，仅是所谓的“清君侧”，不具有反幕色彩。但它是草莽志士从“安政大狱”的血泊中崛起的重要转折点。值得一书的是，此次暗杀活动得到一位名叫樱冈的豪农的支持。从此以后，各地志士不论藩属，只问信仰，云集长州、土佐，联合豪农豪商与朝廷公卿，激烈地开展起尊王攘夷运动。
根据《安政条约》，1859（安政6）年5月28日起开港。日本对外贸易随之激增，生丝、蚕卵纸、茶、水油、海产品大量出口，其中生丝居首位，占总输出额的５０％－８０％，其次是茶，占总额的７％－２０％。随着需求量的大增，日本制丝业和制茶业取得了明显进步。制丝工场手工业在信州、上州、甲州等地快速发展起来。由于生产技术及规模的变革，丝、茶产量大幅提高，新兴的农村商人活动活跃，给幕末农村经济带来了勃勃生机。
但另一方面，日本封建社会制度在开国的打击下，面临解体的全面危机。由于日本的关税权为外人操纵，资本主义国家的工业品大批向日本倾销，而日本的农产品等原料源源流往国外。开港后的1860至1867年，日本对外贸易输出额增加2．5倍，输入额却增加13倍。日本民族工业的发展受到严重阻碍，成了西方列强的商品倾销市场和原料供应地。大量西方质优价廉商品的涌入，沉重打击了日本国内产业。而生丝的大量出口，造成国内供应短缺，丝价暴涨，丝织业萎缩。由于条约认可洋银在日本的自由流通，西方商人和使馆人员就利用日本金银比价远低于国际牌价，用墨西哥银元套购日本黄金，攫取巨利。幕府为限制外国水兵兑换日本银币套购黄金，便规定每人每天兑换的数量。于是水兵们开具假名单，随意捏造名字以便多换。就这样，开港贸易仅半年，日本黄金外流了一百万两。再加上幕府改铸劣质货币，大量发行不兑换纸币，导致日本物价飞涨，整个经济陷入一片混乱。
经济的破坏，造成了包括下级武士在内的人民生活的恶化。农民起义次数剧增，1860年发生43起，1865年~1867年平均每年发生55.3起，均远远超过了天保年间（1830～1843）32.5起的纪录。城市贫民暴动的次数也显著增加，主要表现为反对藩主和投机商人的“米骚动”。下级武士本属幕藩体制的特权阶级，也在商品经济的冲击下逐步分化，趋向没落。随着商品经济的发达，形成了新兴的社会阶层——豪农豪商。该阶层一经诞生，就具有对封建制度的反抗性和依附性的双重性格。在内外矛盾日益加剧的情形下，萨、长、土、肥和水户等强藩大名与幕府的矛盾进一步深化。大名们反对专制，要求参与幕政。幕藩体制在内外交困之下分崩离析。
活跃于幕末维新时期的西南强藩（长州、萨摩、士佐、肥前等），通过天保、安政年间两次重大藩政改革，增强了经济和军事实力，由此奠定了其雄厚的政治资本。综观其成功的经验，主要有三点：1、破除身份限制，大胆启用人才。一批擅长理财和近代军事技术的下级武士脱颖而出。豪农出身、熟悉经济的知识分子也开始受到重用，参与藩政。例如西乡隆盛辅佐萨摩藩主岛津齐彬，桥本左内辅佐越前藩主松平庆永。2、鼓励商品经济，加强专卖制，统一藩内市场，自力更生，逐步转变为独立自主的藩领经济。3、大力改建近代军制。如1855年，长州藩设立“西学所”，研究西方军制，探索西方各国海陆兵制沿革、政事得失、人物善恶等情，以供海防之用。 [8] 萨摩藩从1856年起，学习英国海军，建设水兵队。另又建造了洋式炮台，装备了有限电信，用电引爆水雷。
藩政改革的成功与幕府改革的失败形成了鲜明对照。通过安政改革，西南雄藩的物产交易以长州的下关和长崎为中心而益发繁荣。然而西南雄藩的这种经济繁荣，必然要与幕府以江户、大阪、京都等“三都”为中心控制全国市场的传统政策发生冲突，从而导致幕府与雄藩之间的矛盾日益尖锐。西南雄藩经济军事实力的增强，促使其不再满足于外样大名的地位，反对幕府专制，渴望登上中央政治舞台分享政权，实现权力再分配。于是兴起了要求“强藩和议、改革幕政”的雄藩联合运动。
起初，雄藩通过“开国”和“将军继嗣”两大问题干预幕政，随后在尊王攘夷运动的潮流中被推上了中央政界。虽然雄藩中的尊攘派是其进入中央政界的推动力，但雄藩的主流上层却坚持公武合体的方针。不过雄藩的公武合体与幕府的公武合体政策不同之处，在于幕府为了强化幕权，而雄藩则主张以朝廷为主，幕府应处于从属地位，然后在两者之间谋求自己的发展空间。
“尊王论”和“攘夷论”本是源于儒学的“名分论”的两种不同思想。“尊王论”确立于江户初期，江户中期后，随着幕藩体制矛盾扩大，国史研究和国学的发展，“尊王论”逐渐有了现实基础。到了江户末期，后期水户学和平田国学进一步发展了“尊王论”； “攘夷论”起源于儒学的“华夷思想”。幕末幕藩体制矛盾的激化和外来入侵，促使两者结合起来，成为幕末政治运动的一大潮流。最初并无倒幕色彩，相反是为了加强幕藩统治。然而在“安政大狱”之后，藩政改革的幻想被无情打碎，“尊王攘夷”演变成了由天皇取代幕府成为新政权核心的一面倒幕大旗。樱田门事件之后，“尊王攘夷”由理论变为下级武士、浪人的实际行动，从此草莽志士开始越过大名走上政治舞台。
尊攘派向公武合体派展开了针锋相对的斗争。主要战术就是通过一系列的攘夷事件使屈服于西方列强的幕府陷入困境。1860年12月在三田刺杀美国使馆翻译休斯要。1862年5月英国水兵被杀（“东禅寺事件”）。8月21日发生了“生麦事件”，即在神奈川的生麦村，四名英人因骑马穿越萨摩藩主的父亲岛津久光出行的行列而被藩士杀死一人，刺伤两人。12月，长州藩的高杉晋作、久坂玄瑞等放火焚烧正在江户品川兴建的英国公使馆，等等。尊攘派还通过恐怖手段打击公武合体派。幕府老中安藤信正推行“公武合体论”，迫使孝明天皇的妹妹和宫下嫁将军德川庆福，企图借天皇的权威来恢复幕府权力地位，招致尊攘派的激愤。宇都宫藩的大桥讷庵积极策划反幕斩奸活动，准备刺杀老中安藤，后因事泄被捕。但水户浪士为中心的尊攘派武士7人，在1862年1月，利用安藤登城的机会，在江户城坂下门外进行伏击。安藤虽仅背部受伤，并无生命危险，但此次“坂下门之变”沉重打击了以幕府为主导的公武合体运动。1862年７月长州藩召开的藩政会议上，尊攘派领导人久坂玄瑞等成功地使藩政方针由公武合体宗旨转变为“奉敕攘夷”，将长井雅乐为首的公武合体派上级武士逐出藩政府。长州藩遂成为尊攘派的基地。激进派少壮公卿的登台，从而使朝廷内的尊攘派得势，公武合体派势力开始消退。幕府迫于形势，终于决定遵奉攘夷敕旨。长州藩率先响应，炮轰下关的美国商船和英法军舰。7月爆发英萨战争。武装斗争使尊攘运动发展到了鼎盛时期。然而尊攘运动的发展，令幕府诸侯深感恐惧，连尊攘派所倚重的孝明天皇也开始动摇。双方串通一气，由幕府与公武合体势力联合发动了1863年8月18日政变，驱逐了京都的尊攘派势力，掌握了政局的主导权。
公武合体运动（公，指朝廷：武，指幕府）。试图利用天皇传统的“神圣”权威来改组和加强行将崩溃的幕藩体制的思想，早在国学和水户学中就已出现，但在面临外来压迫的危机下才形成具体的实际政治运动。
以幕府为中心的公武合体运动，主要是为了强化幕府统治，为此，他们于1860年5月策划了皇女下嫁将军的计划。同年10月得到敕许，实现了孝明天皇之妹和宫与十四代将军德川庆福的政治联姻。以雄藩大名为主导的公武合体运动，主要是想利用天皇的权威以实现藩政改革，进入中央政权而分享权力，同时联合整个幕藩领主阶级，共同克服内外危机，以维护封建统治。其主要代表人物有长州藩的长井雅乐和萨摩藩的岛津久光。长井雅乐作为长州藩的“直目付” [9] ，早在1861年4月向藩主毛利庆亲提交了《航海远略策》建议书，指出：毁约攘夷不过是血气方刚的暴力论；开国进取乃是自古以来的国策；公武合体可望国内和睦；须伸张国威于海外等。这是明显的公武合体·开国论。长井奉藩命进京游说，周旋于公武之间，受到朝廷和幕府双方的欢迎。岛津久光是萨摩藩主忠义之父，作为国父掌握实权。1862年，久光为实现“公武合体”而率兵进京，一方面利用“寺田屋骚动”镇压尊攘派，一方面侍奉敕使大原重德赴江户，逼迫幕府实行幕政改革。结果实现了一桥庆喜就任将军后见职，松平庆永任政事总裁职。1863年幕府在尊攘派和朝廷的压力下，被迫决定攘夷。公武合体势力一度处于劣势。“八·一八政变”后，公武合体派重新得势。1863年底到1864年初，一桥庆喜、松平容保、松平庆永、伊达宗城、三内容堂、岛津久光等公武合体派强藩大名组成“参予会议”，但由于雄藩与幕府的权力争夺和萨长同盟，不久便分裂解体。公武合体运动趋向没落。
1863年7月，英国为了生麦事件，派遣军舰7艘驶抵鹿儿岛，兴师问罪。谈判破裂，发生交战，双方均损失惨重。英方旗舰舰长副舰长等共计13人战死。萨方炮台被毁，鹿儿岛市街1/4被烧毁，船只烧毁3艘。通过与英军的交战，萨摩藩痛感军备近代化的重要，认识到英国的实力，从而意识到攘夷是行不通的，答应搜捕生麦事件的元凶并支付赔偿金。英国也因萨摩藩的英勇好战而重新评价其实力，承诺为萨摩藩购买军舰进行斡旋。
1864年8月，英国乘幕府第一次征讨长州藩之机，联合美、法、荷四国舰队炮击下关，武装进攻尊攘派基地——长州藩。此次行动是为了报复1863年5月长州藩炮击通过下关海峡的外国船只事件。虽然幕府征伐长州获胜，由于长州藩内保守派势力抬头并掌权，但下关战争同样具有积极的历史作用。从此英国看清了腐朽的幕府终将被强藩支持的皇室所代替，所以当尊攘派转向倒幕后，便竭力接近萨、长，售与舰船武器，暗中予以支持。
萨摩和长州两藩之间，曾由于政见的根本对立而存在尖锐矛盾。萨摩藩长期推行岛津久光的公武合体政策，在“八·一八政变”和“禁门之变”中残酷镇压长州藩尊攘派，一度被长州人称作“萨贼会奸”。但两藩在历经西洋炮火洗礼之后，均开始向开国倒幕转变，萨长同盟因而成为可能。
1864年，萨藩政局发生深刻变化。由于萨藩激烈反对幕府独占对外贸易的垄断政策，导致“参予会议”的解体。随后，幕府又在第一次征长中出尔反尔，突然宣布恢复过去的交替参觐制度，这又标志了公武合体路线的破产，大大削弱了岛津久光在藩内的政治影响。此时，武士出身的著名商业家五代友厚提议“富国强兵”政策。于是原本追随岛津久光的大久保利通和西乡隆盛，开始实行“割据富国”，走向倒幕。
在第一次征长战争时，担任幕府军征长参谋的西乡隆盛，对幕府持异议，力主撤回征长军，从轻处理长州藩，迈开了萨长接近的第一步。1866年1月，长州的木户孝允和萨摩的西乡隆盛、大久保利通在京都缔结萨长军事同盟条约六条。密约规定在幕府第二次征讨长州时，萨藩要协助长藩，并共同举兵反幕。同年底，木户孝允和五代友厚，又经土佐藩倒幕派坂本龙马的斡旋，在下关签订《商社会谈议定书》，从而继军事同盟又建立了萨长经济同盟。萨长两藩意图以萨摩、长崎、下关为中心的西南日本贸易圈，切断幕府支配的国内商业网，形成全国性市场。这样，萨长两藩在军事和经济上形成了左右日本全局的讨幕联合阵线。
在倒幕运动的蓬勃发展中，农民起义和市民暴动也日益高涨，沉重打击了幕府统治。其中最具代表性的是1866年大起义和1897年的“可好啦”骚动。
由于1866年农业歉收和第二次征长战争，物价飞涨，民怨沸腾。1866年5月，西宫爆发了要求降低米价的捣毁运动。运动扩至大阪，上万市民包围米店，攻击富商，800余家商店被毁。有的被捕市民在廷审时甚至公开宣称：引发暴乱的罪魁祸首就是将军。6月中旬，更大规模的捣毁运动在江户爆发。町奉行所的大门被贴上了“政治售完”的讽刺性传单。一连数日，江户陷于瘫痪状态。当时萨摩藩在大阪的藩吏木场传内曾把这情况详报在京的大久保利通。大久保认为：“民心已离将军，幕府何足惧！” [10]
与市民暴动遥相呼应，农民起义也爆发了。6月7日，在幕府发动第二次征长战争的当天，川越的木匠要求降低米价，掀起了“改革世道”的起义。各村农民群起响应。起义者打着“改革世道”、 “为救日本穷民”的旗帜，提着印有“国内各地太平”的灯笼，袭击、捣毁商人和高利贷者。在秩父，农民捣毁官衙和监狱，释放囚犯，烧掉土地清册，砸毁枪支，把大炮扔到井里，并冲进当铺，当场发还抵押品，销毁当票。几天之间起义席卷武藏、上野两藩，参加者超过十万。
1867年，名古屋盛传伊势神宫天降神符。市民们视之为“变天”瑞兆，纷纷男扮女装或女扮男装，反复唱着“可好啦！”“可好啦！”的歌，在街头狂歌乱舞，闯入高利贷者、商人、地主家宅，勒令拿出酒食，吃饱喝足，继续歌舞。幕府各藩严加弹压无效。这场以宗教形式表达“改革世道”要求的运动，迅速波及东海、近畿、南关东、中国、四国等地。
继公武合体运动的破产，“公议政体”派代之崛起。其政治理想主要是一种吸收了欧美上下两院议会制度，通过公武合体、诸侯会议谋求革新幕藩体制的设想，反对武力倒幕，幻想将军自动放弃政权，成立以诸侯会议为基础的封建联邦。1867年6月，坂本龙马与后藤象二郎同船从长崎去京都时，坂本曾向后藤提出关于建立新国家的八条基本纲领，即“船中八策”，可以说这是“公议政体”派政治纲领的初步草案。1867年6月22日，缔结了以实现“奉还大政”为目标的萨、土盟约，使“船中八策”更加具体化。接着，萨、土、安艺三藩之间于9月缔结了倒幕军事协定。土佐藩藩主山内容堂在后藤的说服下，也认为：在讨幕运动愈演愈烈的形势下，奉还大政是德川氏的唯一出路，因而劝说江户幕府第15代将军德川庆喜向天皇交还政权。
1867年10月14日庆喜接受劝告，为了挫败讨幕运动，向天皇奏请“奉还”大政。然而在公议政体派积极奔走活动的同时，讨幕派也在紧锣密鼓地策划武装倒幕。萨摩藩的大久保利通等与长藩讨幕派领袖木户孝允等会见，商讨出兵讨幕和控制天皇（即所谓“夺玉”）问题。就在庆喜提请“奉还”大政的同一天，讨幕派也接到了《讨幕密敕》。15日，将军庆喜得到天皇批准其奉还大政的敕书和三项指示：1、天皇收回最高政权；2、迅即召集诸侯会议，决定一切政务；3、在未召开诸侯会议之前，仍由将军照旧统治领地领民。这样，将军事实上又重新掌握了内政外交的实权，而这也正是幕府所希望的。
其实，庆喜上奏“大政奉还”并无诚意，只不过是使倒幕派师出无名而保存幕府实力的缓兵之计。木户、西乡、大久保等倒幕派识破了公议政体派的阴谋，更加坚定了武力倒幕的决心。他们利用京阪地方爆发“可好啦”骚动的有利时机，集结与部署兵力。至年底，萨、长、安艺三藩大军集聚在京阪神地方，摆开了和幕府决战的阵势。倒幕派还通过倾向倒幕的朝廷公卿，紧紧地控制住天皇这块“玉”，以便正大光明地举行讨幕战争。另一方面，“大政奉还”也确实鼓舞了公议政体派，以会津、桑名两藩为首的佐幕派在大阪集中海陆军部队，妄图维护幕权。11月15日，倒幕志士坂本龙马和中冈慎太郎被暗杀。大久保、岩仓等决定于12月9日发动“王政复古”的宫廷政变。同时大久保、西乡写信给岩仓说：“实行决战，死中求生，乃当前之急务”，明确指出以武力迫使德川庆喜“辞官纳地”是唯一出路，警告岩仓莫再犹豫而错失良机。
1867年12月9日晨，倒幕派按预定计划发动政变，以天皇名义，解除幕府亲藩部队对宫廷诸门的警卫，改由西乡指挥的军队取而代之。宣布废除摄政、关白、幕府，设总裁、议定和参与三职，进而发布《王政大号令》，宣布一切权力重归天皇，除旧布新。是夜，在皇宫小御所召开了首次三职会议，史称“小御所会议”。会上武力压制了公议政体派，强行通过了命令庆喜“辞官纳地”的决定。所谓“辞官”，就是剥夺德川庆喜的统治权；“纳地”，则是夺取德川庆喜的领地领民。它意味着要彻底消灭长达260年的江户幕府专制统治，无疑等于天皇政府下达了讨幕的命令。一场决定日本前途和命运的内战，迫在眉睫了。
小御所会议后不久，庆喜逃往大阪。他公开会见六国公使，表明不承认“王政复古大号令”和“辞官纳地”。又制定“讨萨表”，决心以“清君侧”的名义武力征讨萨摩藩。幕府海军副总裁榎本武扬率海军舰队在兵库海面，突然开炮袭击萨摩船只“平运号”，从而挑起战端。庆喜亲自率兵会同会津、桑名等藩兵，共1万5千人，从大阪沿淀川北上，兵分两路，向京都进攻。当时岩仓等公卿动摇不定，公议政体派又大肆反扑，情势危急。大久保、西乡等奋力反击，督促朝廷决定坚决征讨庆喜“朝敌”。1868年1月3日黄昏，两军在鸟羽、伏见开战，宣布全面内战的开始。新政府军虽仅5千人，但在士气、装备和训练方面远远领先。幕军终于不敌，全线溃败。日本国内外形势为之一变：倒幕派击败了公议政体保守势力，取得了领导权，朝廷内力量对比发生了根本变化；原本处于观望的近畿以西各藩倒向讨幕；三井等三都特权商人抛弃幕府，财力支持新政府；欧美各国承认新政府和幕府为对等交战团体，宣告保持中立，但事实上英、法通过大量出售武器，暗中支持各自的扶持力量。
奉命追讨德川庆喜的东征军包围了江户城，决定择期发动总攻。然而在关东地区人民起义日益高涨的形势下，引起了幕府、维新政府及西方列强的强烈恐惧。维新政府和对讨幕派有影响的英国公使，都“恐怕因决战而引起‘无知之民'的不测之变”。幕府军事总裁兼海军奉行胜海舟见识卓越，力主讲和。他从民族利益出发，担心“同族相煎，西洋诸国将乘虚而入”，不愿印度、中国之悲剧重演于日本。他又从统治阶级利益出发，担心幕府统治地区民心离反，有可能“敌军未到而都下瓦解”。于是总攻前一天，胜海舟与西周谈判，达成妥协。4月21日，江户“无血开城”。德川庆喜出奔，退隐于水户。
德川庆喜虽降，但一小撮旧幕吏仍负隅顽抗。在东北地区，以仙台、米泽藩为中心结成奥羽列藩同盟，并发展成奥羽越列藩同盟；在北海道，幕府海军副总裁榎本武扬成立“虾夷共和国”。1869年5月，发生函馆战役。榎本被迫出城投降。至此，持续一年半之久的戊辰战役，终于以江户幕府的彻底灭亡和新政府的最后胜利结束。
1868年3月14日，正是预定总攻江户日的前一天，天皇率公卿诸侯，在京都御所的紫宸殿，以神前盟约的形式，宣读了《五条誓文》：官武一途，以至庶民各遂其志，人心不倦；上下一心盛行经纶；求知识于世界，大振皇基；破旧来之陋习，基于天地之公道；广兴会议，万机决于公论。
作为维新政府的开国宣言的《五条誓文》，向世人明示了公议政治和开明进取的大方针。但在开明的言辞背后，却有着隐秘的保守妥协的一面，即：对内，压制公议政体派，团结融合各种政治势力；对外，欲得到欧美列强的支持。“广兴会议，万机决于公论”列于首条，其中的所谓“会议”，并非指近代化的会议，而是由任职于新政府的公卿、藩主和藩士组成的会议。
就在《五条誓文》颁布的翌日，又发布了《五榜禁令》：1、为人者应正五伦之道，不得有杀人、放火、盗窃资财等罪行；2、不论由于何事，均不得结党强诉或相率擅离乡里；3、对基督教应坚决禁止；4、禁止对外国人擅自杀害或乱施暴行；5、禁止私自逃离本乡。
《五条誓文》的开明性与《五榜禁令》的保守性的矛盾对立，显示了明治政府的双重性。
明治初年，中央机构先设“三职七科”，后又改设“三职八局”。1868年闰4月21日颁布《政体书》，仿效奈良时代的“律令制”，实行太政官制度。明确规定：“天下之权力皆归太政官，使政令无出于二途之患。太政官之权力分为立法、行政、司法三权，使无偏重之患。”
太政官下分七官，名为三权分立，但实际上并未分立。具体官职设置如下：议政官行使立法权，分上、下两局，上局“掌管创立整体、制定法制、决定机务、铨衡三等官以上，以及明赏罚、定条约、宣战、议和”，下局“租税之章程、驿递之章程、造货币、定权量、与外国缔结新约、内外通商章程、开拓疆域、宣战讲和、水陆捕拿、招兵聚粮、定兵赋、筑城垒或武库于藩地、各藩彼此争讼”；行政官、神祗官、会计官、军务官、外国官分执行政权，其中行政官“掌管辅佐天皇、奏宣议事、督国内事务、总判宫中庶务”，
神祗官“掌管总判神祗祭祀、祝部、神户”，会计官“掌管总判田宅租税、赋役、用度、金谷贡献、秩禄、仓库营缮、运输通递工作、税银”，军务官“掌管总判海陆军、乡兵招募、守卫、军备”，外国官“掌管总判外国交际、监督贸易、开拓疆域”；刑法官行使司法权，“掌管总判执法、守律、监察、弹劾、捕亡断狱。” [11]
之后，太政官制有过多次修改。如1871年改为正院、左院、右院三院制。正院设太政大臣、纳言、参议。太政大臣“辅佐天皇，总揽庶政，统辖祭祀、外交、宣战、媾和、订约之权，海陆军之事务”；纳言位居大臣之下，“大臣缺席时，得代理其事务”；参议“参与大政，审议政务，辅佐大臣、纳言，协理庶政”；左院主管立法，审议各项法案，实为正院的咨询机构；右院由各省长官、次官组成，“草拟所辖事务之法案，审核各省之议案”。 [12] 1885年，太政官制才被内阁制所取代。
为了充实财政基础和消除封建割据，实行中央集权的政治统一，新政府决定实行“版籍奉还”。“版”指土地，“籍”指户籍（人口），版籍奉还就是诸侯交出对土地和人民的封建领有权。1868年11月，鸟羽伏见之役中战败归顺的姬路藩（领地15万石，在今兵库县），因内部纠纷，申请“奉还版籍”，这是第一个申请“奉还版籍”的诸侯。新政府由此获得启示，但并没有立刻接受。12月，新政府制定“藩治职制”，令各藩废除“家老”，打破身份限制，拔擢倒幕领袖担任“执政”等职，参与藩政。从此打开了政府干涉藩政的道路。木户孝允是主要的倡导者，早在1868年初就主张：“一变七百年来之积弊，使三百诸侯均奉还其土地人民，否则一新之名不知何在。” 1869年1月23日，萨、长、土、肥四藩主在参与大久保、木户、板垣、大隈的分别说服下，联名上表朝廷，请求奉还版籍。名为奉还，实际目的是希望天皇重新授权，以取得合法地位。强藩既已带头，其余各藩也被迫效仿。至6月，奏请者已达236个。1869年7月25日，明治政府批准各藩之“奉还”，却不再授封，任命旧藩主为藩知事，成为地方官。
版籍奉还后，明治政府为了划一藩政，加强监督，又于1870年9月宣布藩制改革。这引起了士族的不满，以至酿成暴动。从1870年起，一些小藩由于财政困难，主动申请废藩。大藏省由于财政方面的考虑，也强烈要求废藩，否则无力维持日益膨胀的政府机构。在以上种种因素的共同作用下，明治政府决心废藩置县。
但是若无萨、长、土等藩的军事支持，根本无法实现这一改革。尤其没有被誉为“维新三杰”之一的西乡的帮助，就无从依靠萨摩藩的兵力。明治政府派木户孝允和大久保利通分别回到长、萨两藩，促使两藩藩主及西乡隆盛入京。西乡与木户、大久保进行了会谈，取得萨、长、土“三藩同心合力”协议。不久，政府征调三藩精兵约1万人入京，组成御亲兵，归兵部省管辖，从而建立了新政府最初的常备军，从军事上为废藩置县做好了准备。
然而围绕着政府体制问题，明治政府的上层存在着严重的分歧。大久保、木户请西乡进京，是为了把萨摩军改编为忠于新政府的常备军，以便废藩置县。而西乡率军入京，是想借废藩置县改组政府，建立代表士族利益的军事封建专制制度。1871年6月25日，西乡独断地改组政府，除西乡和木户两人留任参议外，其余参议一律降级为各省的卿。不过最终各方力量在废藩置县的共同目标下，达成一致。8月29日，木户以集结四藩力量废藩置县为名，又重新改组政府。
同一天，木户等以天皇名义，召集在京的76个藩知事，宣读废藩置县的诏书。 [13] 新政府承担了各藩债务，旧藩主一律解职，留住东京，坐食俸禄。全国262个藩被改为261个县，连同明治初年所设府县，全国共3府302县，不久并为3府72县，至1888年并为3府42县。
在“奉还版籍”、“废藩置县”和“壬申户籍改革”过程中，明治政府逐步改革封建身份制度。1869年7月25日，结合“奉还版籍”，废除“公卿”“诸侯”之旧称，改称“华族”。1870年以后，又废除“中下大夫”、“上士”及其以下旧诸称，统称“士族”及“卒”。把有世袭身份的卒编入士族，其他则编入平民。由于无论是征兵还是征税，必须使用有姓氏的户籍，因此破天荒地准许平民使用姓。废除“秽多”、“非人”等贱称，取消贱民制，将其“编入民籍，其身份、职业皆与平民同等对待”。1872年3月8日，于是，所谓“四民平等”的身份制得以确立。原大名、公卿，改称“华族”，地位仅次于皇族；幕府直属的家臣、藩士及武士改称“士族”；农、工、商和僧侣、神官、贱民统称“平民”。遵循“四民平等”的原则，明治政府采取了一系列的变革措施。如：允许平民骑马，并有选择职业、迁徙的自由；允许武士自由“散发”；废除武士佩带刀剑和“格杀勿论”的特权；允许华族、士族和平民之间自由通婚；允许不做官的华族、士族经营工农商业等等。
虽然表面上“四民平等”，但是特权华族及上层士族日益转化为近代资产阶级或近代官僚；下层武士则日趋没落，对贱民的现实歧视仍然未能革除。因此“四民平等”徒有其表，是不彻底的。
最早主张建立日本近代征兵制的是兰学家大村益次郎。大村曾指导长州藩改革军制，总结其中的经验教训，提倡“不依靠藩兵而靠农兵——国民征兵来建立中央武力。”此举虽然得到维新领袖木户孝允的赞赏，但来自公卿和士族的反对意见格外强烈。岩仓、大久保等人害怕人民当兵会造成反抗政府的危险，故主张“应该同藩的势力进行妥协并加以利用”。以西乡为首的士族阶层愈发反对义务征兵制，认为农民不是正规军的可靠基础，竭力维护武士军职的世袭特权地位。这样，大村的主张一时没有实现。1869年9月，大村遭到反对派士族的袭击，在兵部大辅任内死去。其遗志由山县有朋加以继承实现。
1871年底，身为兵部大辅的山县有朋与兵部少辅西乡从道、兵部少辅川村纯义三人联名建议：以全国20岁以上、身体健康的男子作为征兵对象，仿效欧洲兵制实行征兵制。1872年2月，改兵部省为陆军省和海军省。同年11月发布《全国征兵之诏》和《征兵告谕》，批判了武士专有的军事特权，宣布四民平等，人人须服兵役，宣告“佩双刀，称武士，抗颜坐食，甚至杀人而官亦不问其罪”的封建兵制从此消亡。翌年1月，制定《征兵令》，具体规定陆军分成常备、后备、国民军三军，士兵分步、炮、骑、供、辎五兵种。全国17至40岁男子都载入军籍，编为国民军；在满20岁男子中选择编入常备军，服现役三年；期满后编入后备军，又分成第一、第二后备军各二年。同时也制定《常备兵役免役概则》12条，规定了可免除兵役者的范围 [14] 。并规定交纳代人金270日元也可免役，这给有权势的富有者大开逃避兵役之门。
征兵令否定了武士阶层的特权，招致士族们的反感而发生反对征兵暴动。广大贫苦农民因征兵夺取劳动力，以及轻信关于《征兵告谕》中“血税”的谣传，也相继发生反对征兵暴动和逃避征兵事件。于是，1879、1883年两次对《征兵令》进行修改，废除了代人金。1889年又大规模修改，废除了户主、嗣子免兵役的规定，据此全面废除原有的免役规定和顶替制，从而确立国民皆兵的原则。
租税是建国的根本和关系到民心向背的极其重大的事情。明治政府正处于“百废待兴”时期，急需确立稳定的租税体制。因此，在迫切的财政危机和农民要求土地革命的巨大压力下，促使明治政府决心实行地税改革。
1870年6月，集议院判官神田孝平即提出《田租改革建议》，主张废除土地买卖的禁令，并建议颁发地券（土地执照），申报买卖地价，按地契价格确定地价，按地价征收货币租税等具体可行的改革方案。1872年5月，神奈川县令陆奥宗光也提出了《田税改革建议》，提议根据土地肥瘠程度和水利条件差别来确定法定地价，然后按法定地价征税，即收益地价方式。神田孝平的地契方式和陆奥宗光的收益地价方式，构建了地税改革的雏形。
1872年初，大藏省先在东京府内颁发地券，将地税定为地券金额的2%。3月，太政官明令解除土地买卖的禁令，允许一切人自由买卖土地。这是一项具有重大历史意义的变革，以法律形式确定了土地私有权，从而废除了封建领主土地制。之后，地券发行普及全国。据此还确立了一地一主的原则，采取调整永久佃耕的方针。壬申地券的发行为地税改革做好了前期准备工作。
1872年8月，大藏省租税寮内新建立了地租改正局，陆奥宗光与松方正义分别担任租税头和租税权头职，主持地税改革。1873年4月至7月间，大藏省召开全国地方官会议，讨论地税改革。7月28日，政府颁布《地税改革法令》和《地税改革条例》，宣布在全国实施地税改革。
《地税改革法令》是地税改革的纲领，宣布“原有田地贡纳之法悉皆废除，”“地税可按地价百分之三规定之”；“从前由于官厅及郡村所需经费等而课于土地之份额，一律改按地价征课。但其金额不得超过本税金三分之一。” [15]
《地税改革条例》的内容要点有四：（1）、地税的标准：课税的基准不是石高（即收获量），而是土地的价格（地价）；（2）、地税的税率：税率与丰收、歉收无关，以地价的3%为定率；（3）、地税的形态：不是纳物（纳米），而是纳钱；（4）、征税的对象：纳税者不是土地耕作者，而是土地所有者。
地税改革始于1873年底至1881年基本完成。通过地税改革，实现了实物地租向货币地租的转变，确立了日本近代土地所有制，保证了国家固定的财政收入。地税改革也给地主加大剥削量和兼并土地提供了有利条件，因而从中受益的不是广大农民，而是新兴寄生地主阶级。农民们的租税负担有增无减，终于引发了大规模的减税起义。和歌山茨城、三重、爱知、岐阜等等县都有农民起义，政府使用暴力进行镇压，受处罚者逾五万人之多。但政府被迫宣布：土地税标准从地价的3%降为2.5%。在斗争中取得胜利的农民自豪地说：“竹枪一挑，挑出个二分五厘。”
封建俸禄制度给新成立的明治政府造成了沉重的财政负担。明治政府通过削减、赎买的方式，分三个步骤逐步废除俸禄制，从而剥夺了武士阶级的经济特权。这一过程总称为“秩禄处分”。
奉还版籍后，明治政府即开始着手改革禄制。规定以藩收入的1/10作为藩主的家禄，使藩政与家政脱离。随后又实行“禄米制”，规定以廪米（库存米）支付俸禄，不再从藩收入中支付，使俸禄脱离领地贡租，改变了封建俸禄的性质。
1872年12月，发布了家禄奉还规则，命令家禄、赏典禄不满百石的人献出俸禄。次年又命令百石以上的人献俸禄。献出俸禄者，政府发给产业资金，现金、公债各半。其中世袭禄给六年份额，终生禄给四年份额。家禄的兑换公债通称秩禄公债，发放的第3年开始抽签偿还。但由于大多数士族的就业状况不佳，“迅速陷入贫困者十之七、八”，因而1875年不得不停止奉还。
由于地租改革后，实物地租改为货币地租。所以，1875年9月明治政府宣布实行“金禄制”，即将禄米改为货币俸禄，按1872年至1874年各地市场平均的米价，以现金支付俸禄。这是实施金禄公债证书的前奏。
1876年3月，大隈重信从产业金融利益出发，奏请废除俸禄制，发放金禄公债。大隈的主张虽然遭到同情贫困士族的木户孝允的反对，但全面废除俸禄制度已是势在必行。
同年8月，政府颁布了《金禄公债证书发行条例》，命令所有领取俸禄者一律献出俸禄，然后发给一份金禄公债证书，即强制将货币俸禄的现金支付改为发授公债证书，一次处理完毕。按照上述条例规定：拥有1千日元以上的高额家禄者，发授6至7年禄量的公债证书，利息5分；拥有1百日元到1千日元者，发授7至10年禄量的公债证书，利息6分；拥有20日元到1百日元者，发授10至13年禄量的公债证书，利息7分，规定都以公债一次支付完毕，今后不再支给。所发的公债，从第6年起，每年以抽签方式偿还，在30年内偿清。
秩禄处分大大缓和了明治政府的财政危机。但少数华族和上层士族获利颇丰，他们或转化为资本家或转化为新兴地主，大多数士族阶层却日趋分化没落。
殖产兴业是明治政府利用国家权力和资金，带动、发展资本主义的经济改革政策。1868~1885年间，明治政府用于殖产兴业的资金，约占财政支出的1/5左右。
殖产兴业政策的制定，最早可以追溯至1868年的《五条誓文》。其中的第二条“上下一心，盛行经纶”，即指发展国家财政经济。这是越前藩的藩士由利公正在《誓文》的初稿中首先提出的。由利曾在安政年间主持过越前藩的财政改革，他深刻认识到：“扩大藩内的物产，是使民富之术，而民富国亦富”。因此把“士民一心，盛行经纶”，即政府在地主、资产阶级的协助下，发展国家财政经济的主张，写入了《五条誓文》。由利的主张在当时很快便达成了共识。因为在幕末西南强藩的藩政改革过程中，长州藩就已积极推行自上而下的扶植资本主义发展的政策，萨摩藩也在五代友厚的建议下，认识到实行“富国强兵”和“殖产兴业”政策的重要性。 [16]
资金是实施殖产兴业政策的首要问题。明治政府依靠国家政权力量，多方筹集资金。其途径主要有：大量发行纸币；发行公债；征收地税；废除武士俸禄制度；发动对外侵略战争。
明治政府分以下三阶段，逐步推行殖产兴业政策：
第一阶段（1870～1873）：以工部省为中心机构。新政府通过没收的幕营工业开始进行军事工业的建设，重点对官营事业进行经营以及技术的改良和引进，创办“模范工厂”，特别是把铁路和矿山放在重要的地位。
第二阶段（1873末～1880）：中心机构由工部省转向内务省。内务卿大久保在大藏卿大隈重信和工部卿伊藤博文的协助下，以英、德为榜样，大力推进殖产兴业政策，形成了三位一体的领导体制。大藏省主要负责殖产兴业资金的筹措、调配；工部继续主管铁路、矿山和机械制造工业；内务省则致力于经营劝农、畜牧和农产加工三大事业部门。大久保在《关于殖产兴业的建议书》中明确提出了依靠国家的力量发展日本近代工业的方针。大久保还建议，以传统产业为基础，以制丝、纺织、农业、畜牧、海运为中心推行殖产兴业政策，纠正前一阶段侧重发展重工业的路线。在实行过程中由于西南战役的军需品需求扩大而加速了政策的推行。这一阶段缩小了官营事业的规模，重点是内务省直营事业和对民间事业的资金投入。
第三阶段（1880～1885）：由农商务省统括殖产兴业的政策实行。重点放在纺织、水泥、玻璃、制糖业和矿山经营等方面。这个阶段最显著的特征是廉价处理国营企业，大力扶植私人资本主义成长。由德川幕府时期巨商大贾发展而来的特权商人，如三井、三菱等，由于在倒幕运动中出钱资助立有大功，所以得到了明治政府的扶持和保护。如三菱仅以官办投资额的1/7的资金就购买了长崎造船厂；川崎仅以相当于官办投资额的1/10的资金就购买了兵库造船厂。
殖产兴业政策的实施，日本经济迅速发展，在短短15年内，便初步实现了资本主义工业化，尤其是轻工业部门的工业化。
明治日本的迅速崛起，离不开近代日本教育改革的成功。
早在幕末，日本的教育普及程度已经达到一定规模。不仅有面向幕臣及武士阶层的“藩学”、“乡学”，也有以平民百姓为对象、传授基本读写算技能的“教谕所”、“寺子屋”，甚至还有传授洋学的私塾和官方学校，如“医学所”、“开成所”等。这些都为明治教育改革打下了扎实的基础。
1871年，岩仓使节团赴欧美考察，痛感培养人才是根本大计。代表团的首脑人物之一木户孝允在给国内写信时说：“吾人今日之开化非真正之开化，为防十年后之弊病，唯在于兴办真正之学校……确立牢不可破的国基者唯在于人，而期望人才千载相继无穷者，唯真正在于教育而已。”
1871年7月，设立文部省，着手全国教育改革。1872年9月，文部省颁布第一个教育改革法令《学制》、《关于奖励学业的告谕》和《撤销府县旧有学校，按照学制重新设立学校》，共三份文件。《学制》系参照法国教育制度设计而成，在废除德川时代的藩校和各地的寺子屋的基础上，规定全国分为八大学区，另外还改变了德川时代以儒学为主的教育内容，转而重视科学技术教育。《关于奖励学业的告谕》 [17] 中首先宣扬学问是立身之本，并批判了以往教育的两大误区，一是“认为学问系士人以上之事，至于农工商以及妇女则置之度外，不知学问为何物”；二是“士人以上之少数学者，动则谓为国而学，不知其为立身之基。”大力提倡教育机会均等，“邑无不学之户，家无不学之人”。总之，此次教改法令的颁布，实现了“士人教育”向“国民教育”的重大转变，确立了近代日本的资产阶级国民教育的方向。
此后，即从70年代至80年代间政府对于教育进行了多种形式的改革之试验。在重点实施中小学义务教育的同时，还大力兴办了中等教育、师范教育和职业技术教育。明治政府尤其注重高等教育，以培养高级科技人才。1877年，在幕末开成所和医学所的基础上，建立了东京大学，设法、理、文、医四个学部。在此前后还建了私立的庆应义塾大学和同志社大学。
日本近代教育改革的成功，是与明治政府的高度重视与大力支持分不开的。明治维新各项改革，无论就其兴革之频繁，抑或法令规章颁发之多，均无法同教育改革相比拟。仅据粗略统计，从1870到1896年的26年间，明治政府颁发的重要教育法令规章近30次，占同期所颁各项法令规章的首位。 [18] 日本政府不断增加教育经费。1899年从中国的甲午战争赔款中拨出1千万日元作为普及教育基金。至1910年，地方政府预算中，小学教育经费约占40%。全国教育经费，至明治末年已占国民收入的3%。
早在1866年，幕府和诸藩就向英、法、美各国派出了留学生。1870年，明治政府制定了《海外留学规则》，并将留学生事务由外务省转给了大学。1871年明治天皇敕谕华族，奖励留学。1872年的《学制》中又修改了出国留学规则，由文部省掌管留学事务，从出国的具体手续到归国后的义务，都详细地作了规定。1873年《学制》第二编中又进一步作了增补。最初派遣的留学生多为华族子弟，学习效果不佳。1875年，召回全部公费留学生，并决定以后由开成学校（后东京大学）严格遴选优秀学生出国。为了减轻国家负担，又于同年颁布《贷费留学生规则》，即通过考试选拔学习、品行、身体好的人才，由国家贷予学费，学成归国后，20年内还清贷款。1882年制定了《公费留学生规则》，由国家负担学费，由文部省制定所去国家、所学专业、学校，归国后由国家分配工作。留学规则几经修改，留学生的派遣工作取得了卓越的成效，培养了日本近代化急需的大批优秀人才。
维新初期，明治政府不惜重金聘请外国专家、教授、技师和技工，最多时达四、五百人。以工部省最多，文部省次之。东京大学初建时，39名教授中，外籍教授占27名。当时东京大学的经费占文部省总经费的40.9%，而外籍教授的工资就占了三分之一左右，有的外籍教授的工资竟超过政府大臣薪金的五成以上。1880年起，海外留学生陆续回国。日本遂逐年解聘外国专家，至1889年基本全部解聘，实现了科技教育的自立。
1873年（明治六年）8月，在从美国归国的森有礼倡议下，开始创建启蒙学者和思想家的团体——明六社。其宗旨是“集有志之士商讨办法，以谋我国教育之进步。并集合同志，交换意见，扩大知识，明确见识。” [19] 正式会员有福泽谕吉、加藤弘之、中村正直、西周、西村茂树、津田真道、箕作秋坪、箕作麟祥、杉亨二、森有礼等，后来发展至30余人。除西村以外，都是旧幕臣，多数与开成所有关。成立之初，先推举福泽为社长，因福泽固辞不就，由森有礼任第一任社长。
从1874年开始发行《明六杂志》，其中讨论的内容不仅限于政治问题，还有广泛的社会文化方面的问题。尽管如此，由于1875年政府压制言论自由，只出版了43期，便被迫停刊。明六社也同时宣告解散。
在文明开化方针指导下，日本近代新闻出版事业开始蓬勃发展。
日本最早的日报是1870年发行的《横滨每日新闻》，用西洋纸活版印刷。接着，1872年创刊了《东京日日新闻》、《邮便报知新闻》、《日新真事志》，均带有御用报纸的性质。以1874年的《成立民选议院建议书》为转机，开始出现社论，自由民权派报纸逐渐得势。但因1875年《报刊条例》和《谗谤律》的相继颁布，言论自由受到限制。1874年《读卖新闻》和1879年《朝日新闻》的先后发行，使报纸由政论转向新闻报道为重心，加强了群众娱乐性。
杂志的发行，以《西洋杂志》为最早，主要是以柳河春山为中心的西洋学学者投稿居多，其中荷兰学术杂志的译文转载较多。此外作为著名杂志，政治思想类有《明六杂志》；经济类有田口卯吉于明治十二年创刊了《东京经济杂志》，以自由主义经济论的立场上批判政府的保护贸易政策；自然科学类有由杉浦重刚、井上哲次郎等创刊于明治十四年的《东洋学艺杂志》，对基础科学发展做出的贡献堪与英国代表性科学杂志《自然》相媲美；妇女读物类有创刊于明治十八年的《女学杂志》，内容由基督教式的启蒙开始，逐渐偏向文学方面，是《文学界》的母体。 [20]
报刊杂志具有很强的时效性，必须以最快的速度送到读者手中，使读者及时了解各种政治、经济和文化信息，自然与当时的铁路、邮政、电信事业的发展态势紧密地结合在一起。1897年，日本发行的报刊杂志共计745种，1912年上升到2227种。
明治政府大刀阔斧地推行一系列资产阶级改革的举措，在取得了前所未有的成效的同时，也激起了社会各阶层的强烈不满。
在明治初年的新旧过渡时期，由于日本仍是农业国，农民所交纳的地税成了政府的主要财政收入。农民不但没有从封建制度的一些最明显的束缚中解放出来，而且必须额外负担新政府的巨额开支。农民们不堪重负，纷纷起义。明治政府农业顾问马叶特氏在《上山县伯爵书·序》中也曾对明治初年的农民运动作了概述：“由于农民状况颇不令人满意，农民暴乱频仍，债务纠纷四起，一县之内农民破产及强制公卖之事达数百件之多，农民成群结队向政府请愿，要求减免租税。” [21]
在倒幕运动中，豪农豪商曾出过大力，但明治政府并没有赋予他们如同特权商人及旧藩主的经济利益和社会地位。明治政府着重培植财阀资本和国家垄断资本，阻碍了资本主义的自由发展。这就必然损害了豪农豪商的切身利益。
士族阶级也因征兵制和秩禄处分等政府改革，被剥夺了政治、经济、军事特权，日趋分化没落。其中留恋昔日特权的士族，发动叛乱，企图依靠武力推翻政府。也有的士族在派系斗争失败后，以自由平等为号召，利用群众斗争的有利形势，试图改革政府。
大资产阶级、大寄生地主和农民群众、中小资产阶级之间的阶级对立成了当时的主要矛盾。与此同时，西方资产阶级思想的启蒙运动也渐成气候。福泽谕吉1872年写了《劝学篇》，1875年写了《文明论概略》等书，鼓吹自由、平等、自主、独立等思想。《劝学篇》开宗明义第一句话就说：“天不生人上人，也不生人下人”。其销售量达20万部以上，影响十分广泛、深远。福泽谕吉被誉为“日本的伏尔泰”。1870年，加藤弘之写了《真政大意》的文章，宣传“天赋人权”思想。津田真道编译《泰西国法论》，宣传实证论和普及西方资产阶级法学知识。中村正直翻译英国作家斯迈尔斯的《自助论》和英国哲学家、经济学家弥尔的《论自由》，影响了大批的青年读者。
正是在这样的社会背景下，酝酿产生了自由民权运动。自由民权运动以1874年爱国公党提出《民选议院建议书》为开端，到1887年的“大同团结运动”，历经14年，以1881年为转折点，可分前后两期。前期主要活动人物是士族知识分子和豪农豪商，后期则有少数激进分子与下层群众的参与相结合。
在“征韩论”政争中失败的板垣退助、副岛种臣、江藤新平、后藤象二郎等，于1874年1月组成爱国公党。同月，又联名向政府递交《成立民选议院建议书》，猛烈抨击了“有司专制”，指出“方今政权之归所，上不在帝室，下不在人民，而独归有司”，极力主张开设民选议院，反映了豪农豪商和不当权的士族的参政要求。《建议书》虽遭到政府拒绝，但引发了一场围绕民选议院设立时机是否成熟的激烈争论。论争促使民主思潮迅速扩展。
1875年4月14日，政府为形势所逼，以天皇名义发布了《渐次建立宪政体制诏书》。1877年6月9日，板垣领导的“立志社”再次提出由植木枝盛起草的《建议书》，指责明治政府八项弊政，提出了“开设国会”、“减轻地税”、“修改不平等条约”三大口号，广泛吸引了各个阶层。
1878年9月，趁全国高涨的形势，以立志社为中心组成的爱国社在大阪召开重建大会，其成员从士族扩大到豪农豪商，全国有13个县派代表参加。1880年3月，爱国社召开第四次全国代表大会，成立了“国会期成同盟”。出席代表共114名，来自两府22个县。大会又选出片冈健吉、河野广中为全权代表，向天皇提交开设国会的“请愿书”。这一空前盛会令政府恐惧不安，迅即颁布《集会条例》加以镇压。然而国会期成同盟的代表并不因此屈服。请愿活动不断发展，各地纷纷向元老院递交的请愿书和建议书，共有58件，涉及34个县，签名人数达24万余人。政府的高压政策反而使国会期成同盟如火如荼地壮大起来。至11月召开“国会期成会”第二次大会时，会员超过13万，且以豪农为中心的平民代表过半数，开始崭露头角。
1881年，政府内就成立国会问题，形成了以伊藤博文为首的渐进派与以大隈重信为首的急进派的对立。正在这时，发生了北海道开拓使廉价出售公产事件。自1869年起，政府投资了1400万日元开拓北海道，萨摩出身的黑田清隆一直任开拓使长官。十年计划期满之际，黑田清隆以价格38万日元、无息三十年付清的条件将公产卖给同乡五代友厚等的关西贸易商会。大隈重信获知后，借机向外透露，授政府口实予自由民权派。一时间群起攻击政府，其激烈程度令政府深感忧虑，唯恐在日本造成如同法国大革命的局势。面对政府危机，岩仓、伊藤、井上毅等密谋罢免大隈。
1881年10月11日夜，明治天皇召开御前会议。翌日即下令停止处理北海道官有产业，罢免大隈重信及其他大隈系官员，并发布《召开国会敕谕》，宣布：“兹以明治二十三年（1890）为期，集合议员，召开国会，以遂朕之初志。” [22] 大隈重信等被逐后，13名参议中，萨藩6人、长藩4人、土佐藩2人、肥前藩1人，长、萨藩阀政府地位得以进一步确立。此次政局变动被称为“明治十四年政变”。
政府之所以公布开设国会的时期，表面上是对自由民权派的让步和安抚，实际上却是先发制人之招。正如诏书的建议者井上毅所说：“此时不发此诏，则中间派将转化为急进派。发此诏敕，则各政党之向背立判。” [23] 情况果不出所料，以《召开国会敕谕》为转折点，自由民权各派迅速分化。
组织政党的动向在1880年末已初显端倪，1881年的《召开国会敕谕》中约定在1890年开设国会，更进一步促进了这种倾向。在“明治十四年政变”一周后，即1881年10月18日组建成立了自由党。板垣退助被选为总理，中岛信行为副总理。自由党是一个以士族、豪农、豪商等为基础的全国性的政党，其友党是在大阪成立的以中岛信行为总理的宪政党。自由党主张激进的自由民权，其盟约是：扩充自由、保全权利、增进幸福、图谋改良社会；尽力于确立善美之立宪整体；与吾党共主义、同目的者一致合作，以达吾党之目的。
1882年3月成立了以大隈重信为总理的立宪改进党。它是以和大隈同时下野的河野敏谦、前岛密为首，以嘤鸣社、东洋议政会、鸥渡会三派为核心组成的，它的社会基础是都市的实业家和有识阶层。该党以英国政治为模式，采取渐进主义的主张。其纲领的第一条便是“维护皇室之尊荣，保证人民之幸福”，这与党纲党章中只字不提皇权，坚持自由民权运动为中心口号的自由党形成了鲜明对比，足以说明两党的性质差异。为了与民权系的政党相抗衡，同年成立了以政府党自认的立宪帝政党。发起人是《东京日日新闻》的福地源一郎、《明治日报》的丸山作乐、《东洋新报》的水野寅次郎等。纲领中表明了他的主权在君的钦定宪法主义的政治主张，公开宣称“宪法由圣天子钦定”，“我皇国之主权当为圣天子所独揽”，“圣天子拥有批准或驳回国会决议之大权”等。该党的社会基础是士族、神官、僧侣、退职官员、市町村的吏员和御用商人等。在创立过程中，伊藤博文、井上馨、山田显义等曾给以支持，但由于他们并不想积极参与政党，党势很快就萎靡不振了。于是在政府的示意下于1883年9月解散。
自由民权运动在政府的严厉镇压之下，日益趋向激化。早在1881年福泽谕吉便预感到：“民权论似有愈来愈赞成直接行动的倾向。长此以往，官民反目必日甚一日，流血之祸，恐终所不免。”
第一次激化事件是1882年2月至12月由自由党领导的指向福岛县令三岛通庸专制统治的农民起义，史称“福岛事件”。这是一次福岛县议会自由党议员与县令的独断专行政策的对立，以及农民与县令的激烈对抗事件。当时福岛县自由党势力强大，县议会由自由党控制，河野广中任议长，民权派过半数。于是，1882年2月，三岛通庸带着扑灭自由党、扶持帝政党和修筑公路的三项密令，出任福岛县令。他扬言要在自己任职期间“使纵火犯、强盗和自由党不得抬头”。为在会津地方开凿由若松分别通往山形、东京、新泻的三条公路，三岛命令福岛县西部六郡的居民，不管男女，每人在两年期间必须服一个月零一天的劳役，不参加修路工事的人，男人每天要交纳15钱，女人每天交纳10钱的代金，随后强行开工。县会否决了县令提出的所有议案，会津自由党也展开了起诉请愿运动。
11月14日，若松裁判所驳回了诉讼请求。会津自由党的宇田成一等决定去东京控告法院，结果宇田等被捕。11月28日，群情激愤的农民们集合举行集会，一千几百人涌向了警察署，要求释放被捕的领导者，遭到了三岛的残酷镇压。12月1日县政府对县内自由党的总检举和大逮捕，以河野广中为首的2000多人被捕。在高等法院的裁判中，三岛县令向司法官请求判处河野死刑。1883年9月下达了监禁河野7年、其余4人6年的判决。此次起义虽然失败了，但开创了自由党和农民起义结合的先例。
1884年9月，在茨城县发生了与福岛事件相关联的加波山事件。1883年10月，三岛通庸被任命为福岛县令兼枥木县令。在枥木，三岛也大兴土木，因而和县会、县民产生对立。自由党激进派策划在枥木县厅落成典礼上袭击三岛和高官大臣。他们积极准备，联络同志，筹集资金，制造炸弹。但制弹所不慎失火爆炸，引起了官府的警觉，落成典礼也延期举行。1884年9月23日，河野广中之侄河野广体、富松正安等16名激进派发表了《革命举兵之檄》，以加波山为大本营起事，竖起“自由魁”的旗帜，袭击山麓的警察分署、高利贷者。但因势单力薄，三天后即被政府镇压。由于公然标榜革命和使用炸弹，令政府深感恐慌，因此从重判刑。1886年6月，富松等七人被判处死刑。而三岛县令则被晋升为内务省土木局长、警视总监。
加波山事件发生后，自由党的《自由新闻》态度发生根本性变化，居然指责此事件是“轻举妄动”，称参加者为自由党之敌。1884年10月29日，建党仅三年的自由党在大阪终于做出了解散党的决定。自由党的领导权是在身兼工商家的地主手里，当下层民众揭竿而起时，他们害怕危及自身的利益，便开始产生动摇，背叛民众，以至投靠政府。虽然是加波山事件直接导致了自由党的解散，但自由党内部分裂才是关键所在。
自由党解散后的第三天，即10月31日，在埼玉县发生了自由民权运动中规模最大的秩父暴动。秩父地区最发达的农家副业是养蚕和缫丝，但因茧、生丝价格暴跌，1882年以后陷入严重的萧条状态。1883年末，中农落合寅市、高岸善吉等代表负债累累的农民，多次向郡役所请愿，均被驳回。1884年2月，在大井宪太郎的鼓动下，成立秩父自由党。以大井宪太郎的政谈演说会为契机，壮大了债务返还运动组织，进而成立了困民党。8月，豪农出身的侠客田代荣助出任首领，展开请愿活动，约由1万多贫农加入。请愿要求包括：对高利贷缓期十年偿还，十四年还清；为了节减学费，小学停课三年；减少杂税；修改征兵令；暂停征收地税等。请愿失败后，计划起事，制订暴动方案，同时联络群马、长野两县的自由党员。11月1日，在下吉田村椋神社境内发动起义。以田代荣助为总理，以自由党员加藤织平为副总理，制订五条军规，编成甲乙两队农民军。当晚，起义军占领小鹿野町，捣毁警察分署、高利贷者和大地主的家，烧毁借款字据和地契。2日早晨攻入大宫，占领了秩父的郡公所、警察署和法院，并捣毁了高利贷者的住宅。在大宫成立了“革命本部”。田代以“革命军总理”的名义发布告示，表明了树立革命政权的意志，宣布起义目的为“推翻现政府，立即召开国会”。4日与警察、军队发生冲突。最后兵败，残部逃往群马、长野，但终被彻底镇压。
在东京审判时，慕名前来的旁听者济济一堂。审判结果，田代等七人被处死刑，其他重罪296人，轻罪448人，罚款者2642人。
自由党解散后，停滞不前的自由民权各派在成立国会的前夕，在反对井上修改条约案运动的激励下，又开始活跃起来。1886年10月，以原自由党有志之士为中心的全国有志恳谈会，排除原有的对立，提倡“去小异，存大同”，兴起了大同团结运动。1887年 10月，高知县代表片冈健吉等向元老院提出了由植木枝盛等起草的建议书，提出包括言论自由、减轻地税、签订对等条约等三大要求。这三大要求建议运动很快就扩展到两府三十二县，以星亨、中江兆民、片冈健吉等为代表的2000余名社会活动家参加了此次运动。同年10月，后藤象二郎创办丁亥俱乐部，号召有志之士团结起来，逐渐成为大同团结运动的核心领导人。12月，政府颁布《保安条例》，进行镇压。1888年2月，政府诱使改进党的领导人大隈重信入阁，谋图分裂战线。4月至12月期间，后藤等到东北、东海、北陆各地游说，通过机关刊物《政论》，号召地方人士团结，提高声望。然而1889年3月，后藤却出人意料地突然参加黑田内阁，任递信大臣。大同团结运动失去中心，后因运动方针问题，产生分裂。自由民权运动也随之沉寂了。虽然民权运动虽然沉寂了，但它宣传了“自由”、“民权”、“开设国会”、建立“立宪政治”等思想，推进了君主立宪政体的进程，具有一定的进步意义。
为巩固天皇的权威，保证皇室的稳定的经济收益，显然是非常重要的。德大寺实则、岩仓具视、井上馨等人先后提出建议，认为有必要设定皇室的财产。1882年伊藤博文访欧的调查项目中也包括“皇室及皇族财产”。1882年岩仓具视向政府提议说：“我国方今将制定宪法，首先必须巩固皇室之基础，以期在今天防止千秋万载之后大权发生动摇之弊”。 [24] 同年，明治政府根据岩仓的建议，决定正式设立皇室财产。于是皇室财产迅猛增长。从1882年起，明治政府将所持的日本银行、横滨正金银行和日本邮船公司等企业的股份，共计860万日元拨归天皇所有。天皇成了日本银行最大的股东。此外“帝国饭店”、一些大铁路公司和糖业公司等大企业也都有天皇的股份。甲午战争后从中国索取的巨额赔款，也被明治政府拨出2000万日元给天皇。1885年12月，设立了宫内省御料科，以掌管皇室拥有的山林、原野、矿山等事务。以移管佐渡、生野两矿山为开端，政府在各府县规定了世传御料，并且把国有林编入了御料林。国会开设前后数年间，大量国有林被划归皇室财产，多达357万町步。
1884年7月，制定了《华族令》，把华族分为公爵、侯爵、伯爵、男爵五等，并准予世袭。华族由三类人构成，即公家、大名、维新功臣。公家根据家世，授予子爵以上爵位；大名和维新功臣则根据原有俸禄和在戊辰战争中的表现，授予男爵以上爵位。通过“华族令”，“保卫皇室的屏藩”得以树立。
1885年12月，废除太政官制，采用内阁制。内阁只对天皇负责。太政大臣三条实美曾在奏议中明确指出内阁大臣的职责：“宰臣入则参大政，出则就各部之职，均陛下之手足耳目也。而选其中一人，专任中外职务，奉旨承宣，以保持全局之平衡，得各部之统一，此乃祖宗切实之政，圣上亲裁之体制，立宪之意义不外于此。” [25]
1889年2月11日，众所期盼的明治宪法终于公布于世。
这部《大日本帝国宪法》共7章76条，标志着近代天皇制的确立。第一章即为“天皇”，计17条。宪法规定：大日本帝国由万世一系之天皇统治；天皇神圣不可侵犯；天皇乃国家之元首，总揽统治权，并依本宪法各条之规定行使之。宪法将立法、军事、财政、外交等大权皆归于天皇，如法律的制定、公布、执行（第六条）；议会的召集、闭会、停会、众议院的解散（第七条）；决定陆海军编制、常备兵力量（第十二条）；宣战、讲和、缔结条约（第十三条）；战时、国家事变之际的特别大权（第三十一条）；建议修改宪法（第七十六条）等等。天皇权力在实施过程中是依据“无答责原则”，即天皇对臣属的汇报只听不答，后果与责任由臣属承担，从而使“法律不具有责问天皇之力”，确保了天皇的神圣权威。
宪法规定，内阁与国务大臣只对天皇负责，不对议会负责。议会采取两院制。贵族院由皇族、华族、敕选议员组成，作为特权阶级的机构起帝室屏藩的作用。众议院由选举产生，但选举资格限制极严，并受到贵族院的牵制。
宪法还将属于宫内体制的枢密院置于内阁之上。枢密院设立于1888年，宪法也是由其审议颁布的。关于枢密院所负职责，伊藤博文曾作过如下表述：“夫我国宪法，如熟考其旨趣，须将主权归于王室，至其终极，应规定以至尊之裁决为最后决定。政府与议会之间万一发生龃龉，或大臣辞职，或议会解散，应由圣裁决定其一。处此情况，为明察国家之形势，国民之感情，抑扬得宜，须有能进善良劝告之顾问官。予以为如不求知于枢密院，别无它途。”这样，枢密院和议会、内阁，同为支撑天皇制统治的三大支柱。
从《明治宪法》不难看出，近代天皇制具有神政、家长式、立宪主义的特征，其实质则是以立宪为外表，神政和家长式为内核的政治体制。这种政治体制规定了近代天皇制的“封建”、“民主”的双重特性， [26] 因此可以说，明治宪法作为东方第一部君主立宪的资产阶级宪法，具有进步意义。但由于其保留有大量的封建因素，致使近代日本走上了天皇制军国主义的歧路。
明治政府成立后，作为恢复皇权和统一国家的工具，神道被定为国教，神道从而发展成为国家神道。1868年1月设立神祇事务科，推行祭政一致运动。接着又恢复神祇官。同年，又颁布“神佛分离令”，造成“废佛毁释”的局面。1870年发布《大教宣布之诏》，建立了祭政一致的国家神道，神道教被定为国教。1871年4月教部省下达了“三条教则”，神道开始向皇道蜕变。1889年颁布的《帝国宪法》中，明文规定了国家神道对其他宗教的统治地位，并制定了“身行敬神爱国”、“心明天理人道”、“奉戴皇上并遵守皇旨”三条教则。1890年颁布的《教育敕语》，被奉为国家神道之教典，标志着国家神道教义的形成。
教义上强调“敬神崇祖”、“灭私奉公”、“忠于天皇”，把崇拜天皇和崇拜祖先结合起来，把日本作为一个放大了的家庭，天皇就是家长，因而把家庭一级的孝扩大为国家级的忠。同时宣传神国主义和国家主义，号召“一旦情势紧急，当以义勇奉公，扶翼天壤无穷之皇运”，为天皇效忠卖命，以适应日本军国主义向外扩张侵略。明治政府在1911年颁布的《国定修身教科书》中明确规定：“我国以家族制度为基础，举国构成一大家族，皇室是我等宗家，我等国民以对父母敬爱之情崇敬万世一系之皇位，是以忠孝为一不可分”。
综上所述，国家神道的核心是“大日本帝国乃我皇祖天照大神肇造之国，其神裔万世一系之天皇，遵照皇祖之神敕，自悠久古代，永远治理之” [27] ，即所谓的神国思想和天皇是现世神的思想。这一思想虽然曾在倒幕和维新初期起过统一和稳定大局的积极作用，但随着国家神道的恶性膨胀，沦为了军国主义的服务工具，对外宣扬“圣战”“八纮一宇”，对内宣扬敬神爱国、崇祖忠皇。总之，国家神道是近代天皇制的思想支柱。
[1] 町年寄，在江户、大阪、长崎等城市设置的较高级职务，受町奉行领导。
[2] （日）信夫清三郎：《日本政治史》第一卷，上海译文出版社， 1988 年，第 165 页。
[3] 与力，隶属于奉行并协助其工作的官吏
[4] 梁启超：《论中国学术思想史变迁之大势》，《饮冰室合集》文集第 3 册，上海中华书局， 1936 年，第 97 页。
[5] 转引自信夫清三郎编：《日本外交史》（上），第 36 页。
[6] 《日本思想大系》 54 ，第 337 页。
[7] 转引自信夫清三郎：《日本政治史》第一卷，上海译文出版社， 1988 年，第 273 页。
[8] 信夫清三郎：《日本政治史》第一卷，上海译文出版社， 1988 年，第 227 页。
[9] “直目付”是直属于藩主并向其提供情报的一个职务
[10] 转引自吴廷璆主编：《日本史》，南开大学出版社， 1997 年，第 356 页。
[11] 《世界历史》编辑部编：《明治维新的再探讨》，第 169 页。
[12] 《世界历史》编辑部编：《明治维新的再探讨》，第 176 页。
[13] 《世界历史》编辑部：《明治维新的再探讨》，第 173 页。
[14] 安冈昭男：《日本近代史》，中国社会科学出版社， 1996 年，第 168 页。
[15] 《世界历史》编辑部编：《明治维新的再探讨》，第 184 页。
[16] 参见伊文成、马家骏主编：《明治维新史》，辽宁教育出版社， 1987 年，第 471 页。
[17] 《世界历史》编辑部编：《明治维新的再探讨》，第 181 页。
[18] 万峰：《日本近代史》，中国社会科学出版社， 1978 年，第 79 页。
[19] 《世界历史》编辑部编：《明治维新的再探讨》，第 183 页。
[20] 安冈昭男：《日本近代史》，中国社会科学出版社， 1996 年，第 204 页。
[21] 诺曼：《日本维新史》，商务印书馆， 1992 年，第 169 页。
[22] 《世界历史》编辑部编：《明治维新的再探讨》，第 193 页。
[23] 转引自吕万和：《简明日本近代史》，天津人民出版社， 1984 年，第 92 页。
[24] 大久保利谦编：《近代史史料》，吉川弘文馆， 1996 ，第 220 页。
[25] 《世界历史》编辑部编：《明治维新的再探讨》，第 196 页。
[26] 王金林：《日本天皇制及其精神结构》，天津人民出版社， 2001 年，第 292 页。
[27] 转引自村上重良：《国家神道》，商务印书馆， 1992 年，第 116 页。