镰仓幕府灭亡的次月，后醍醐天皇返回京都，重掌朝政，改元“建武”，并开始一系列新政，史称“建武中兴”。后醍醐天皇对宋学有研究，他赞成宋学“正君臣父子”的名分思想，同时对平安时代的延喜(901-922)、天历(947-956)年间的天下一统的政治颇为向往。为重现天皇一统天下的政局，他在重新执政后短短的两年时间里，曾宣布过以下“新政”:
1、制订了《所领个别安堵法》，以挽救“士卒民庶”的贫困，安定社会人心。宣布新“德政令”，以图恢复原土地所有者的权利。
2、任命了新国司和新守护，企图恢复平安时期的知行国制，给权门世家以支配知行国的特权。
3、 对幕府的有功之士进行奖赏。
4、 整治国家机构，天皇实行亲政。中央只设置直属于天皇的记录所(负责行政)、
杂诉决断所(负责诉讼)、武者所(负责京都治安)、洼所(伺所)。
“建武新政”只不过是后醍醐天皇的理想，由于他忽略了一个客观事实，即时代已与延喜、天历时期不同了，而其主要的不同点在于独立且实力颇强的武力的存在。 [1] 所以最终导致失败是必然的。在具体执政过程中，朝廷重公卿轻武士以及政令多变、决策错误百出等等，导致了社会的混乱、公卿与武士之间矛盾的激化。
随着公卿与武士之间矛盾的加深，从镰仓幕府倒戈的足利尊氏利用社会混乱和矛盾，决意重建武士政治体制。对此，后醍醐天皇命尊良亲王、新田义贞以及陆奥地区的北畠显家围歼足利尊氏，最后尊氏军击败朝廷军。1335年，尊氏利用前往东国平定兵乱的机会，在镰仓竖起叛旗。1336年1月攻入京都，3月，退出京都进军九州。
在九州恢复元气的足利尊氏、足利直义兄弟率军从海陆两路东上。朝廷乃命新田义贞和楠木正成迎战于兵库。1336年5月26日，尊氏、直义军与新田、楠木军在兵库凑川决战，新田、楠木军大败。足利尊氏再次攻入京都，后醍醐天皇逃入比睿山，尊氏拥立光严之弟丰仁亲王为光明天皇，并派直义围攻比睿山，后醍醐天皇遂为尊氏所幽禁。尊氏控制京都以后，自任征夷大将军，开幕府于室町，并公布《建武式目》十七条作为施政纲领。同年12月，后醍醐天皇逃至吉野山，并宣布重开朝政。自此京都光明天皇的朝廷称“北朝”，吉野山后醍醐天皇的朝廷称“南朝”。五十七年间，日本南北两朝对峙，进入内乱时期。
以1336年11月7日公布的《建武式目》为标志，拉开了足利幕府的统治序幕。
《建武式目》是当时调整道德行为的一种规范，它的很多条款在一定程度上反映了当时各阶层人民的要求，为足利氏能够最终击败南朝奠定了基础。
幕府成立后，曾先后控制南朝势力，平定接踵而来的“土岐氏之乱”(1391年)与“明德之乱”(1391年12月)。但幕府内部就如何对待皇室、贵族等政策方面发生分歧。足利直义与幕府执事高师直之间的矛盾与斗争越演越烈，以至1350年2月足利直义背叛北朝，投奔南朝。1351年1月，直义率南朝军大败北朝军。2月足利尊氏与直义兄弟和好。不久又因关于南北统一的主张不同，兄弟再次反目。1353年2月，尊氏在镰仓杀死了直义。1358年4月，足利尊氏病故，同年12月，足利义诠任幕府第二代将军。1367年11月，足利义满就任第三代将军。而日本真正得以树立稍微安定的政权，是在1392年足利义满统一南北朝之后。
义满执政后，对社寺势力进行抑制，尤其是对实力较强的守护，不失时机地给予打击。1390年削弱大守护土岐氏势力,1391年镇压了山名氏势力,1399年平定了拥六国守护之职的大内氏势力等。在此期间，义满促进了南北的统一。
室町幕府在行政方面由将军综理一切政务。其下设“管领”，以辅佐将军，一般由足利氏一族的斯波、细川、畠山三氏轮流担任，谓之“三管领”。管领之下有侍所、问注所，政所等机构，而以侍所最为重要。侍所的首长称“所司”，由山名、一色、京极、赤松四氏担任，谓之“四职”，负责御家人的统治与行政诉讼。“问注所”的首长称“执事”，此机构除保管幕府的记录、文件外，也负责文书的误谬、伪证以及证件遗失等诉讼的审理工作，执事由三善氏子孙世袭。政所首长也称“执事”，此机构与镰仓幕府的政所有所区别，它只主持幕府财政，审理有关买卖、借贷、质押等方面问题。最初执事一职由二阶堂氏担任，后来则由伊势氏世袭。虽有“执事代”辅佐，但伊势氏却又别置“政所代”，使之负责实务，由蜷川氏世袭这一职位。此外又与前代一样设有“平定众”、“引付众”。
地方上，在镰仓方面设有“关东御所”，其下有“关东管领”。关东御所原由尊氏长子义诠负责，后来改有次子基氏及其子孙世袭。除守护由将军任免外，其它关东方面的事物均委诸“关东管领”。关东御所下设有“关东管领”、“平定众”、“引付方”、“政所”、“问注所”、“侍所”等，几乎与幕府相同。在九州设有“九州探题”，东北地方设有“奥州探题”和“羽州探题”。
与镰仓幕府一样，在诸国置“守护”和“地头”，惟其性质两者有异。镰仓幕府的守护与地头都是幕府将军的御家人，两者之间形成主从关系。室町时代守护大多由足利氏同族和有力家臣担任。他们一方面拥有裁判诉讼、处理无主田地、征收税款、催促兵役的权利，同时不断侵吞庄园，将领国的国人变成自己的家臣团，逐渐发展为守护领国的守护大名。
在财政方面，由于室町幕府对守护、地头的统治并不彻底，所以其经济主要来源于分散各地的约二百余处的直辖地“御料所”，由将军近臣“近习”、“奉公众”以“代官”身份负责管理，并代征“年贡米”、“年贡钱”，作为将军家的生活费用与“代官”的俸禄。必要时，虽也向诸国守护、地头课税，但他们未必从命。因此不得不在畿内的交通要道设“关所”,征收“关钱”，或在渡口收取“津料”。并且对京都内外的“土仓”(当铺)与“酒屋”(酒坊)课征“仓役”、“酒屋役”。还经各地守护、地头向“公田”征收“段钱”，向“在家”之民征收“栋别钱”。如临时有事而经费不足时，也向“有德人”（富豪）告贷。所以室町幕府的财政自始至终很不稳定。为了解决经济拮据问题，与明朝进行“勘合贸易”，也逐渐成为幕府的重要财源。
在长期的动乱中，广大的下层农民受害最深，因此在室町时代，农民反抗官府和统
治者的斗争从来就没有停止过。这种斗争称为“一揆”。它又可分为土一揆和国一揆。最重要的一揆是自1428年开始的“德政一揆”。这一年的9月18日，近江国醍醐乡的农民起义，以德政为口号，得到了广泛响应。当时“天下土民蜂起，号德政令，破却酒屋土仓。寺院等、杂物等（恣）盗取之。借钱等悉破之。管领成败之。凡亡国之基不可过之。日本开（白）国以来土民蜂起是初也。” [2]
1441年8月，德政一揆规模更趋扩大，郊外数万农民包围京都，城内到处是“不交出债务，可放火焚烧”的布告，幕府不得不颁布“德政令”，宣布取消农民一切债务。九月十四日，幕府进一步发布“一国平均德政令”，不论身份贵贱、地位高低，一切债务全部废除。
1485年12月，山城国发生一揆，主要是因为“应仁之乱”后，东军的畠山政长同西军的畠山义就以山城为中心展开了战斗，战场所在地的国人和农民举行声势浩大的集会，强烈要求两军撤出。在这次大规模的反抗斗争中，国人在农民的支持下，实现了自治，维持了八年的统治。
1488年6月，加贺(石川县)的国人、农民以宗教一向宗的教义为组织基础，发生了“一向一揆”，打跨了守护大名，控制该国，实行了将近百年的自治。
以上这种国人和农民团结一致反抗官府的一揆活动，与自治地缘组织的兴起有关，但是，民众政治上的觉醒是一揆不断产生的根本原因。
1467年，围绕将军继承问题，幕府内部形成分裂，细川氏与山名氏两大名
的倾轧白热化。以细川胜元为统率的16万东军挟天皇、将军与以山名持丰、大内政弘为首的11万西军在京都展开大战。势均力敌的两支大军经过十一年的持久战，难决雌雄。及至胜元、持丰两氏相继病死，政弘返回周防，双方部队才开始撤去。长期的战争使得当时的京都百疮千孔，荒芜人烟，一些巨刹、邸宅多数为战火所毁。公卿们因为不堪生命之危险与经济之困窘，大多逃离京都，避难于地方。至此幕府权威完全扫地。当时的将军义政无意于政治，不仅在战乱中大兴土木，营造别墅银阁寺，还在戈矛声中饮酒作乐，过着风雅生活。其子义尚继位后，曾想重整幕府威势，却于亲征近江的六角高赖时阵亡。于是幕府之势已是风前之烛，岌岌可危名存实亡了。
在战国时代这个特殊的年代里，守护代、国人以及与之相关的人们皆以实力而成了大名，并且竞相把分国领地纷纷扩大，相继各霸一方，成了战国大名，从而形成了群雄割据的分裂局面，此后的日本更是战火不停。
战国主要大名
地区 |
大 名 及 年 代 |
关东 |
北条早云(1432-1519)、北条氏康(1515-1571)、佐竹义重(1547-1612) |
北陆 |
朝仓孝景(1428-1481)、上杉谦信(1350-1578)、朝仓义景(1533-1573) |
甲信 |
武田信玄(1521-1573)、武田胜赖(1546-1582) |
东海 |
斋藤道三(1494-1556) [3] 、今川义元(1519-1560)、织田信长(1534-1582)、丰臣秀吉(1536-1598) [4] 、德川家康(1542-1616) |
近江 |
浅井长政(1545-1573) |
中国 |
毛利元就(1497-1571)、大内义隆(1507-1551)、黑田孝高(1546-1604) |
四国 |
长宗我部元亲(1538-1599) [5] |
九州 |
岛津贵久(1514-1571)、大友宗麟(1530-1587) |
资料来源:《三订图说资料新日本史》，浜岛书店，昭和五十八年，第５２页。
为了巩固自己的领国，并能不断扩大领土，战国大名们对各自统领的领国实行有效的治国之策。首先设法安定民生，并以此为前提谋求达到富国强兵的目的，他们都采取了严厉的法治主义。分别制定了各自的分国法、国法、家法、壁书等。制定此种法令的目的在于：（1）使大名的权威具有绝对性；（2）严格管制其家臣团与农民；（3）家臣团的婚姻、继承、通信采用许可制；（4）与“国”外的交通作严格限制；（5）严厉执行维持治安上的刑罚，并使其领国内的民众彻底了解其战时体制下的独裁政治方针。分国法中比较著名的有伊达氏《尘芥集》、物田氏的《信玄家法》、今川氏的《今川假名目录》、北条氏的《早云寺殿二十一条》、大内氏的《大内家壁书》、长宗我部氏的《元亲百条》等等。其次战国大名们还采取安抚农民的措施，如谋求人口增长、整顿税务制、兴修水利、开垦农田等，以安定民心，增加国的收入，增强武力，巩固统治。
战乱时代是弱肉强食的时世，在此严酷的情势下首先走上统一全国之路的是织田信长。织田信长诞生于尾张“守护代”之家，自1560年5月，在桶狭间击败今川氏后，以破竹之势兼并四邻各国。
自从鸟铳传到日本以后，织田信长是最早利用这种新式武器，并在战场上数次击败强敌而崭露头角的人物。他一方面从事征战，一方面又为货畅其流实施“乐市”、“乐座”，并废除庄园，保护新来的基督教。正当信长取得节节胜利、扩大势力的时候，他先后接到京都的天皇和室町幕府将军足利义昭的请求，请他保护皇室和幕府的权势。因此，信长于1568年9月进入京都，挟天皇和将军而号令天下,奠定了统一全国的基础。在控制近畿地区后，信长开始西征。1582年派羽柴秀吉（丰臣秀吉）西攻。受秀吉紧急求援，信长率军前往援助，不料在行军途中被部下明智光秀所害(本能寺之变)，年仅49岁。信长一生短暂，却为日本的统一打下了基础。
织田信长的事业由其部将丰臣秀吉所继承。秀吉诞生于尾张国爱知郡中村的“足轻”家，初名木下藤吉郎。投奔织田后逐渐被提拔为部将，以其独特的手腕怀柔地方土豪。因仰慕柴田胜家、羽柴长秀二武将，乃各取二将姓中一字为己姓，称羽柴。在织田信长的统一战争中，建树很多。1569年受信长之命，作为京都守护，长驻京都。信长决定西征后，秀吉率兵前往中国地方，费五年岁月经营播磨、备前、美作、但马、因幡五国。1582年5月西征，攻入备中国，肉搏高松城。毛利氏获秀吉大军来临的消息后，曾遣使谋和，但秀吉不允。后受毛利氏军和小早川氏军围攻，形势十分紧急，遂向信长求援，不料信长遇难。秀吉获此噩耗后严加保密，首先同意毛利氏的议和，并与之缔结和约。之后迅速动身征讨明智光秀，光秀败退，被土民所杀。
之后秀吉被任命为左近卫少将，以强田信长的后继者自居，引起柴田胜家和信长的三子信孝等人的不满，欲与之抗衡。
1583年4月秀吉率军与柴田胜家军决战于近江的贱岳山麓，结果，柴田军大败，柴田胜家自尽，柴田家灭亡，织田信孝也自杀。
秀吉的作为使织田信长的次子织田信雄感到不满，故与德川家康联手反抗秀吉。1584年4月，两军在尾张国长久手发生激战，秀吉军败北。11月，两军又在小牧山地区会战，胜负难分。秀吉分别与信雄和家康和谈，最后达成言和协议，家康乃以其子秀康为人质，“小牧·长久手之役”于是结束。
此后，秀吉采用文武兼用的手段，统一了织田信长诸家臣的势力，确立了领导地位。1585年7月，秀吉任关白，改姓藤原。次年12月，升为太政大臣，天皇赐姓丰臣。1587年平定了九州，实现了除陆奥以外的全国统一。
1582年信长死后，其遗业由秀吉来推行。秀吉在上得皇室宠信、下控诸国大名之后，
便开始实行一系列巩固统治的措施：一是强行兵农分离政策，丈量全国土地，将农民系于各自土地上，把农民私藏的刀剑全部征收。1588年发布了《刀狩令》，对人民的行为加以种种限制；二是在1597年施行《太閤检地》政策。通过丈量，使土地所有权掌握在自己手中。同时统一全国度量衡。
除以上各种政策外，秀吉还下令金、银矿归公，并将此金、银投资于海外贸易，曾数次以大量银子购买丝绵。
秀吉于1587年征讨九州的同时，对侵略朝鲜已有具体准备，并欲使博多成为对明贸易的转口港而促其繁荣。同年，发布驱逐传教士令，声称基督教为邪教，应予禁止。但又让外国黑船入港来日交易，这一切乃是秀吉重视海外贸易以积储侵略力量的表现。
丰臣秀吉统一日本后，对外就开始了他的扩张主义政策。早在1585年9月，他就曾经表明欲入侵明朝之意。1587年6月，当秀吉结束九州之役之后，他入侵大陆的构想进一步具体化。秀吉的具体构想是：在占领朝鲜之后，自己渡海至中国，“居留”宁波，然后占领印度；派丰臣秀次占领北京，然后拟在1594年迁都北京。秀吉要当亚洲太上皇的美梦，为了实现霸占亚洲的美梦，他先后对朝鲜发动了两次侵略战争，即1592年的“文禄之役”和1597年的“庆长之役”。遭到中朝联军的沉重打击，损失惨重，最后以失败告终。丰臣秀吉忧郁成疾，最后于1598年8月18日，带着他的扩张主义美梦呜呼而去。
丰臣秀吉在政治舞台上的迅速消逝，并不是他在国内政策的失败，主要在于他对外政策的错误，即妄图侵占朝鲜、占领中国、称霸亚洲，建立丰臣氏的亚洲王国。
在室町时期，农业仍居各种产业之首，并且又因农民生活的提高，一些原为隶属民的“下人”、“所从”等因获得解放，生产积极性大为提高。而随之的技术进步、农具改良、肥料种类多样化、商品作物需要量增加等因素，也促进了农业的发展，弥补了不少因战乱而带来的损失。
随着地租由劳役、杂徭形式改为实物以后，农村的各种产品加工业也兴盛起来，并且
因技术人员增加与产品需求量扩大，手工业呈现一派繁荣景象。在农耕器具制作、住宅建筑方面，除了为领主服务外，还能够满足一般农民的需要。原来属于公卿、神社、寺院的手工业者也开始独立生产一般社会人士所需的产品，各地也逐渐形成了手工业生产中心。
在工业方面，需要量最大、技术工人最多的首推冶炼、铸造、纺织三方面。其中冶炼、铸造不仅供应农民所需的劳动工具，也是各类兵器的生产地。除此以外，由他们制造的刀剑还是对外贸易的主要商品之一。
在纺织业方面，值得一提的就是麻与绢。“应仁之乱”前的京都曾是纺织业的中心，京都西阵的丝织业已全国有名。
随着手工业的发达，产品的增加，不同产品之间的交换也日趋频繁。农村集市也从临时变为定期，一向每月三次的定期市场——“三斋市”从室町时代中期开始，改为每月六次的“六斋市”。市场上出现了专卖特定商品的摊位——市座。市场管理也有原来的领主变为“町人”，建立了“乐市”，撤去了市场税与具有独占性的贩卖坐席。随着定期市场的普及，出现了常设的零售店，商人也正式成为一种崭新的职业。
滥觞于平安末期的“座”，经过镰仓时代，到室町时代已是非常普及，越是经济发达的地方越多。这种行业协会在商品买卖、关卡自由通行方面均享有特权。由于“座”的普及与发达，行业种类也随之增多，分工也越来越细，促进了商品质量的提高。“应仁之乱”后，随着入“座”商人的增多，这种带有封闭性质的协会便成为自由通商的障碍。在战国时期，由于武士势力增大，“座”的性质已有改变，助长了“座众”的自由化。迄止近世，则因“乐市”、“乐座”运动而大部分“座”都已解散。
室町时期的交通因商业活动的隆盛而快速发展，并且在都市附近出现专门为顾客搬运商品的运输业“马借”、“车借”。海上交通出现了驳船，容积达千石的也不少。在陆上，除一般商旅往来外，一般民众出外旅行，特别是巡礼神社的也逐渐多了起来。
室町时期都市出现了以下几个特点：（1）以大名所居城堡为中心形成了集政治、经济一体的城下町；（2）随着港埠发展，形成港湾都市——港町；（3）随着宗教民众化而以寺院为中心发展起来的都市——门前町；（4）因驿站而发展起来的都市——宿场町；（5）因商业活动昌盛而兴起的经济都市——市场町。当时的大都市则有政治都市京都、镰仓，宗教都市奈良等。
大名主阶层本是庄园体制中直接控制庄民的最基层剥削者。由于商品经济发展和高利贷剥削等原因，使相当一部分名主无法维持生计，只好出卖名田和名主职。这样，很多旧的大名主就沦落为小名主、自耕农或一般庄民。而新出现的名主占地面积少则一、二反，多则数町，所以他们已不是原来意义上的名主，他们从旧名主那里继承下来的权利，就是向领主缴纳年贡而已。名主阶层已徒有虚名，名田也名存实亡了。
中世纪以后，劳动力强的租佃农在劳动之余热心开垦庄园内的荒野，这些被开垦的土地虽然仍受着领主约束，但在一定年限内允许免纳年贡和赋役，并允许开垦者自由买卖耕作权，所以，实际上成了农民的私田。这样就出现了一批自耕农。另外，名主阶层的分化，产生了一大批小名主、小百姓，他们也是自耕农的一部分。
为了战乱时的自卫，对付领主额外的要求，同时也为争取、保护自己共同利用的山林与水源，这一时期的农村便逐渐加强团结，形成了自治的农村体制——“惣”。它实质上是庄园制内部成长起来的新的社会体制，既是生产上的协议机构，又是农民社会活动的组织者和指导者。
1368年明朝建立后，朱元璋曾于次年就遣行人杨载、吴文华一行七人使日本，并带去赐予日本国王的玺书一封。当时明朝使节交涉的对象系控制着博多、大宰府一带的日本南朝征西将军府将军怀良亲王。怀良亲王对明朝使节的态度并不友好，使节中五人被杀。杨载、吴文华拘留三月才被放回。1370年，明朝再次遣莱州同知赵秩等诏谕日本。此后，明使颇受礼遇。随后，怀良遣僧祖来为正使赴明奉表称臣，贡名马和方物，并送还明、台二郡被掠人口七十余。
从怀良对明朝使节态度转变之快可以看出，起初对明廷使节的不礼，主要是不甚了解当时中国王朝更换的情况，并非象一些学者所说的是他高涨的“神国思想”所致，况且，作为怀良来说，就当时的国内、国外形势，也没有实力和必要与强大的明朝政府对抗。
1372年，明太祖又遣仲猷祖阐、无逸克勤等8人随祖来一行使日本。此次明使在日本滞留期间，与足利幕府的第三代将军足利义满取得了联系，这为以后明代的中日交流奠定了良好的基础。足利义满正式遣使明朝是在1401年。义满之使祖阿、肥富受到明成祖的款待。回国时，明成祖派天伦道彝、一庵一如为陪送使，并正式册封足利义满为“日本国王”。义满对明朝使节的态度，极尽殷勤。他亲赴摄津兵库欢迎明船，还焚香下跪，三拜后始拜览明朝国书，并在其表文上自称“日本国王臣源”。
足利义满于1408年5月去世，经由明成祖与足利义满建立的“甜蜜”期，因足利义持继任将军职位而中断。关于中断奉表入贡的理由，足利义持在向明朝解释时推称：“本国开辟以来，百事皆听诸神”； [6] “灵神托人谓曰，我国自古不向外国称臣”；并说要改变义满国策，“今后无受外国使命。因垂诫子孙，固守勿坠。” [7]
为了争取在亚洲的有利政治地位，又不能与明朝彻底摊牌，因此假托断交的理由乃日本的神明之意，而非人愿。然而其真正原因在于幕府和王室（公家）之间的矛盾以及幕府内部的矛盾。
1429年正月，足利义教继任第六代将军，恢复了曾经中断十余年的贡舶。
明代中日关系中，经常会提到“勘合”一词。日本派遣遣明使船一般都得填写“勘合”（前两次没有），而明廷派遣到日本执行赏赐任务或者其他任务时的答使，也往往执有“勘合”。因此，“勘合”一词几成彼此往来的代名词。
在历史上，通常把携带“勘合”到中国进行朝贡贸易的日本船只称为“遣明船”。自足利义满于1401年派出首次遣明船开始，到1547年最后一次为止，在将近一个半的世纪中，日本共派了19次。其中第1次到第8次可以认为是朝贡贸易的成立期，为幕府将军所独占；第9次到第17次可以称之为发展期，以有力寺社、守护大名的经营为主；最后两次称为衰退期，为大内氏所垄断。 [8] 除第一次外，其余18次的遣明船正使都由精通汉学的五山禅僧担任。他们不仅出色地完成了对明的朝贡任务，而且在两国的文化交流史上留下了不少佳话，与罪孽深重的倭寇形成鲜明对比。
在叙及室町时期的对外关系时，不能不提及倭寇问题。所谓倭寇，是指从朝鲜的高丽朝至李朝，我国的元朝至明朝，在朝鲜半岛至中国沿海之间肆虐的日本海盗集团。 [9]
历来学界通行将倭寇活动大致分为前后两期，即14世纪中叶到16世纪中叶为前期，16世纪后半为后期。作这样的划分，时间不是其中的主要标准，更主要是前后两期倭寇在性质上有着很大的不同。
前期倭寇，虽然其间可能杂有极个别的非日本籍人，但绝大部分是日本人，他们一般是受其领主、大名或者地头等的指使和组织，掠夺朝鲜半岛和我国沿海地区的粮食、水手及其劳力。鉴于明太祖采取软硬兼施的双管齐下政策，加上之后永乐朝中日邦交的正常化，较大规模的倭寇活动接近平息，但零星的骚扰和劫掠几乎没有中止过，给我国的东南沿海人民带来了深重的灾难。
后期倭寇无论是人员组成还是劫掠目的都与前期有所区别。“大抵真倭十之三，从倭者十之七”，这是学界对后期倭寇成分比较通行的说法。不过这种说法不够全面，后期倭寇的组织者、行动的策划者、抢劫的实施者，均以日本人为主。人数上占一定比率的中国人，一部分是沿海人民反抗当时统治阶级以及统治政策而铤而走险，大多数则是被日本倭寇强迫充当炮灰。从劫掠目的看，一般只抢大户，或者对官吏加以报复。因而，劫掠的范围也与前期不同，除了深入内地外，还有流劫数郡的现象。
日本的一些学者正是利用后期倭寇的特殊性，以点概面，在叙述这段历史时，只用“边民”一词，而自始至终不提“倭寇”两字，企图淡化或者否认倭寇犯下的滔天罪行。而与前者相反，另一些极端主义者却以耻为荣，对倭寇的行为用“邦人的海外发展”、“雄飞国外的通商贸易”、“旺盛的冒险心”等词语来进行美化和粉饰，这是完全违背历史事实的。
明朝的文化主要通过两条途径对日本产生影响。第一是人物的交往，其中又可分为三种，第一种是在永乐朝（1403-1424）以前，三三两两搭乘商船来中国的求法僧。他们的目的和入元僧一样，与其说是钻研禅学，不如说是来体验中国丛林生活，领略中国风情，学作可与明朝人媲美的诗文。因为他们留明时间较长，所以对于中国文学以及其他各种文化的移植，极有贡献，其中以绝海中津和汝霖良佐等人最为有名；第二种是带着日本方面的使命而入明的僧侣，他们虽然是使臣，但其中不乏长于诗词文艺的人物。他们尽管在明时间不长，不过一二年，但竟有在中国博得很高声誉的人。如仲芳中正奉成祖赐命书写“永乐通宝”钱文；桂庵玄树每成一诗，便传诵艺林，被称为有盛唐之风；雪舟等杨受尚书姚公的委托为礼部院作壁画，明帝看到后，认为是希世之宝，命他任天童山的第一座，等等；第三种就是渡日明朝人，他们大多数是学问、道德闻名遐迩的高僧，尽管留日时间短促，却广泛地与日本的文人特别是五山僧侣交往，为日本同行题词、写序、修改、讲学等等，为日本的诗文、学术带去了很多新鲜的刺激。
然而，一种文化仅靠人员流动来传播和继承毕竟有它的时间性和局限性。因此，作为人类物质文明和精神文明高度结晶的书籍应是最理想的传播工具了。这就是明朝文化影响日本的第二条途径。
首开求赐书籍之例是在1402年明使一菴一如东渡之际，日僧岐阳方秀曾请求《华严清凉国师大疏》、《晋水源师节录注经者》、《演义钞》、《科文》、《圭峰行愿品记》、《原人发微录》、《禅源诠都序》等书籍；1408（应永十五）年，日本使节回国时，曾请求明廷赐予仁孝皇后撰写的《劝善》、《内训》两书各一百本；1468年，足利义政在派遣使节时，竟令瑞溪周凤在附件上记录了求书目录18种；1477年，义政通过遣明使再次求赐《佛祖统纪》、《教乘法数》、《三宝感录》、《法苑珠林》等12部典籍。当时传入日本的书籍还有《翰墨全书》、《大明一统志》、《大明官制》、《武经七书》等等。
大量汉籍的输入，给日本汉文学一种清新的刺激与兴奋，对五山僧侣所撰的汉文摆脱倭臭起了较大作用。
明朝文化对日本的影响，还表现在印刷术、医学、礼仪、美术工艺、食物等等众多领域。
1392年8月，高丽的李成桂自立为王，改高丽为朝鲜，便派僧觉锤出使日本，要求日本禁倭。因此，倭寇问题的解决就成了日、朝两国的燃眉之急。李成桂以怀柔与奖励为基本原则，分化倭寇。
然而，这种处置方法虽然能一时缓解危机，但并没有从根本上消除倭寇给朝鲜人民带来的深重灾难。1429年出使日本的朝鲜通信使朴瑞生在归国报告中记载了被倭寇掠到日本后的惨景：“倭贼侵略我国，虏我人民，把他们充当为奴婢或者转卖异国，永不得回。他们的父母兄弟悲痛欲绝，直到今天还有多少人无法报此冤仇。我们的舟每停靠一处，被虏的人就争先恐后想逃上船来，无奈因身上坚囚枷锁而未果。此情此景甚是悲惨。日本人多粮少，很多奴婢被卖，更有甚者拐卖人家子弟。这种现象随处可见。” [10]
15世纪时，对马岛主宗氏以及幕府将军、诸大名、诸豪族等都各自遣使前往李氏朝鲜，积极促进两国贸易。朝鲜则为了防止类似倭寇行为的再次发生而与之周旋，但又惧怕因贸易扩大而增加财政负担，所以对贸易加以限制。1443年日朝缔结“癸亥协定”，实行“信牌制”贸易。贸易限制的结果，拟欲扩大贸易的日本与朝鲜之间便形成对立，最终引发了“三浦之乱”。暴乱之后，朝鲜态度转为强硬，与对马断绝一切关系。1512年日朝签订“壬申条约”，日本力图恢复往日与朝鲜贸易的规模，但朝鲜只开乃而浦一港，且不许日本人居住。自此，两国贸易日趋衰落。
琉球从14世纪70年代开始与明朝发生主从关系，对明朝频繁朝贡。当时九州北部的博多已成为东亚贸易的转口站。琉球的船只则从博多与鹿儿岛的坊津等港埠，将南洋出产的香料、药材、染料等输往日本，然后又从日本采购刀剑、折扇、硫磺、铜等货物转售南洋各地。琉球商船前往暹罗、安南、苏门答腊、爪哇等地的贸易异常活跃。在此时期，日本商船前往琉球的也日益增多。琉球输入的南洋产品也有经由这些日本商人转到明朝与朝鲜出售的。
直至明朝嘉靖年代（1522-1566）中叶，因倭寇骚扰，明朝与琉球两国关系遂疏远，而一直与琉球保持着若即若离关系的日本，趁机与琉球密切关系，琉球与萨摩间的交通逐渐频繁。
1588年8月，当岛津义弘前往京都谒见秀吉时，秀吉曾告诉他有使琉球服属之意。于是义弘在同年末派大慈寺僧侣龙雪前往琉球传达秀吉旨意。这时，秀吉再次促其输贡修职。1589年，日本又促琉球遣使赴日，否则就要出兵征讨。尚宁登上琉球王位后不久，就遣使至萨摩，致书并献方物以修和好。岛津氏陪伴琉球使者谒见秀吉，秀吉大喜。后秀吉亲自修书尚宁，声言不出数年就要征讨明朝，琉球也宜出兵来会。1591年，岛津氏又致书尚宁，指出关白正欲征讨朝鲜，命琉球务在明年二月以前，将七千五百人十个月的粮食运至坊津，然后设法将它们运至高丽。接到此书，琉球群臣愤慨激昂，一致认为应拒绝日本的无理要求。秀吉乃致书尚宁曰：“我自卑践膺运兴，以威武定日本，六十余州既入掌中，至远近无不共朝贺。然尔琉球国，自拥弹丸之地，恃险远，未聘贡，故今特告尔，我将明春先伐朝鲜，尔宜率兵来会。若不用命时，先屠乃国，玉石俱焚之。” [11] 侵略者的嘴脸暴露无遗，为日本日后吞并琉球埋下伏笔。
室町文化是日本国内诸种文化融汇而成。在这一时代，文化气象日新月异，在传统公家文化的基础上，武家文化独树一帜。此外，国人、农民乃至町众地位日益上升，由此而催生出了丰富多彩的庶民文化。
1、朱子学的隆盛
后醍醐天皇在做皇太子的时候，就喜好钻研佛教与儒学。在玄惠法印进入宫廷讲授儒学之后，实际上已经开始传授重义理的朱子学。后醍醐天皇对朱子学的看重是有其长远政治目的的，他希冀以朱子学的名分论为号召，鼓动更多公卿、武士起而勤王，趁幕府衰弱之际，夺回已失去的权利。后醍醐天皇不仅在宫中宣扬朱子学，而且利用儒学讲坛作为掩护，纠合亲信秘密进行倒幕的组织准备。所以说，日本历史上的“建武中兴”与朱子学有着密切关系。
北畠亲房是忠于南朝的重臣。他在后醍醐天皇病逝后的1339年写成了《神皇正统记》，其根本意图在于说明南朝统治的正统性。他在书中写道，日本的皇统连绵是日本乃神国的体现，皇室正统的来源在于其祖先就是神。书中“以有德者继承为正统”的观点，也是受中国儒家思想影响的结果。
参与足利尊氏施政性纲领《建武式目》制订的人，有原镰仓幕府的“平定众”是圆、真惠，奉行太田七郎左卫门、明石民部大夫行连、布施彦三郎入道，儒学者日野藤范、玄惠法师等。《建武式目》主要内容有禁奢侈、行俭约、镇暴行、止贿赂以及选贤者任官等等，显然是以儒学为指导思想。
2、五山文学
自从平安时代以公卿为中心的儒学式微以后，代之而起的就是以五山禅僧为中心的禅林儒学。因佛教经典都是以汉文书写，所以汉学乃成为僧侣的必修课程。然而这一时期的汉学，乃是以探讨性理之学的宋学为主。禅僧兼学宋学，除了传播禅宗的需要外，还出自禅宗内部生活的日常需要。禅林的日用文书多用汉字“骈文”体。这种骈俪体的四六文，经常要引经据典，除引用禅宗语录外，还引用大量儒典、诸子百家乃至中国文学作品。要应付五山的日常生活，禅僧不仅要学会写四六骈文，还要熟记许多经典。因此，五山汉文学空前兴隆。当时五山禅林颇与中国相似，尤崇尚华风生活，其所撰的诗文也有与元明文人并驾齐驱者。
3、贵族化的武士文化
北山文化的象征是足利义满建于京都的金阁，它所体现的是传统的公家文化与禅宗文化的两相兼容。同时，它又受到来自明朝的深刻影响。在这种文化中，既包含当时将军、守护等上层阶级的趋向，也反映了从前代开始同大陆有着密切交流的临济宗受到幕府的保护，被将军家确立为“五山之制”而日渐隆盛的史实。
东山文化的象征是足利义政在京都左京区建造的银阁。银阁系两层建筑，下层为书造，上层为唐风楼。东山文化继承了北山文化的传统，但较之北山文化的华丽色彩，它更尊重风雅处世的精神，追求枯淡幽玄之境界。
1、世俗文化
御伽草子这类作品以老若妇孺为对象，多为通俗易懂的短文，内容大抵是拟人化的神话、传说、童谣、怪谈之类，宣扬无论出身贵贱，只要有才华就能出人头地，反映了庶民的呼声与祈望。
连歌最初属于和歌之余技，因其题材表现新鲜、自由，后来独立成为一种大众喜爱的民众文艺，为江户时代俳句的产生奠定了基础。
大约在12世纪前后，中国汉代的散乐传到日本后形成为猿乐，到了室町时期经观阿弥、世阿弥父子的改良创新，演化为能乐。能乐是一种博采众长的复合艺术，至今依然保留许多中国文化的要素，其将近三分之一的曲目取自中国题材。与能乐相比，狂言的庶民性就更为明显，题材大都取自日常生活，内容滑稽可笑，追求一种诙谐、通俗、娱乐的效果，往往与能乐同台演出。
2、贵族文化
中国茶的东传可以追溯到遣唐使时代，然而饮茶习俗真正在日本流行，得益于荣西撰写的《吃茶养生记》（1211年）。16世纪千利休倡导“佗茶”，日本独特的茶道才成型。日本茶道崇尚“和敬清寂”的境界，茶室基本属于书院样式。
建筑的典型是城郭，它的特点是集办公与居住于一体，除防御工事外，其外围有数道护城壕与石垣高筑，雄伟壮丽，它是城主权利的象征，其代表为天主阁。二是住宅的建筑，则流行“书院造”，聚乐第、大德寺唐门可为其代表。
室町时代后期，整个世界正处在大航海时期，因此，日本与西方的相遇是必然的。最早抵达日本的西方人是葡萄牙人，他们带来西方的器物、宗教、科技知识，给东方传统的室町文化，涂上一层西方文明的奇异色彩。
1、“铁炮”（鸟铳）的传来
早在1543年，自广东航向宁波的佛郎机（葡萄牙）人，在宁波附近遇到飓风，被漂流到九州南部大隅半岛南方约二十公里的种子岛岸，遂将“铁炮”东传日本。铁炮传至日本以后仅两三年时间，便开始在根来、堺、国有等地制造，从而改变日本的战术。
2、天主教的传播
葡萄牙人开拓的对日贸易，也为西方文化的传播带来了契机。1549年8月15日，耶 稣会传教士方济各·沙勿略搭乘商船在鹿儿岛登陆，这预示着一场外来文明的暴风雨即将来临。继沙勿略后，天主教传教士络绎而至，他们以贸易为诱饵，劝说大名接受洗礼，从而获得在大名领域内传教的权利。日本的天主教信徒，不单是大名和武士，包括商人、农民、渔民等广大阶层。天主教传播速度之快、影响之广，令人惊讶，分析其中原因，主要有：战国大名利用天主教加强经济和政治实力；传教方式日本化；广泛兴办社会慈善事业；顺应民心；耶稣会的主观努力。除此以外，文艺复兴后欧洲创造的科学技术、人文思想等先进文明，在16世纪以后形成一股难以阻挡的潮流。 [12]
3、南蛮文化
凡在这一时期从西方传入的文化，不论是有形还是无形，是物质还是精神，都被称为 “南蛮文化”。主要包括宗教思想、伦理道德、科学技术以及文化教育等等。
在宗教思想上，天主教信奉唯一的上帝，反对偶像崇拜和祖先信仰，主张神权高于君权。因此，这种思想在日本的传播，意味着将会动摇日本人的宗教信仰。
在伦理道德上，天主教主张男女平等、个人自由、一夫一妻，重视贞操反对淫乱。因此日本国内的许多现象均遭到天主教的指责和攻击。
天主教出于传教的目的，将天文学、地理学、历算、测量学等科学知识传入日本，使日本人大大开阔了眼界。
另外，天主教传教士还在日本各地积极兴办教会学校，给日本全民的文教事业作出了很多贡献。他们还把西方艺术引入日本，为日本的民族艺术发展带来了无限生机。
[1] 王金林：《日本天皇及其精神结构》，天津人民出版社，2001年，第94页。
[2] （日）《大乘院寺社杂事记》之十二，东京角川书店，1964年11月，第317页。括号内为原书误字。
[3] 日本《国书人名辞典》（岩波书店， 1996 年 11 月）中关于斋藤道三的出生年有两种说法即“ 1494 年”和“ 1504 年”；而《国史大辞典》（吉川弘文馆， 1997 年 4 月）中认为其出生年月不详。
[4] 日本《国史大辞典》（吉川弘文馆， 1997 年 4 月）认为丰臣秀吉出生于 1537 年。
[5] 日本《日本史大辞典》（平凡社， 1993 年 8 月）中认为长宗我部元亲出生于 1539 年。
[6] （日）田中健夫等编：《善邻国宝记》，集英社 1995 年版，第 138 页。
[7] （日）田中健夫等编：《善邻国宝记》，集英社 1995 年版，第 140 页。
[8] （日）森克己、沼田次郎编：《日本史丛书》之五“对外关系史”，东京山川出版社， 1978 年 8 月，第 90~91 页。
[9] 郑樑生在《明代中日关系研究》（台湾文史哲出版社， 1984 年 5 月）一书中指出，“倭寇”两字首见于《高丽史》高宗十（ 1223 ）年五月条所记“倭寇金州”。日本学者石原道博在《倭寇》（吉川弘文馆， 1964 年 4 月）一书中也持同样观点。而日本学者田中健夫在《倭寇——海的历史》（株式会社教育社， 1982 年 2 月）中指出，如果纯粹从字面上追述“倭寇”两字的最早出典，应是在公元 414 年高句丽长寿王为其父广开土王立的碑文中。（该碑现存中国吉林省辑安。）其内容为“十四年甲辰，而倭不轨，侵入带方郡，大王率兵自石城岛连船渡海带方，倭退至濮句满城，然后相遇，王衡要截荡刺，倭寇溃败，斩杀无数。”而把“倭寇”作为一个固定的名字来使用，田中健夫认为应该是在高丽忠定王二（ 1350 ）年之后。
[10] （日）村井章介：《中世倭人传》，岩波书店， 1993 年 3 月，第 30 页。
[11] 特引自郑樑生：《明代中日关系研究》，台湾文史哲出版社， 1985 年 3 月，第 536 页
[12] 王勇《日本文化》，北京高等教育出版社， 2001 年 3 月， 353 页。