富士川之战后，源赖朝并没有一举进入京都，而是巩固经营自己东国一带的地盘。之后，赖朝回兵讨伐常陆的佐竹氏，并对诸豪族论功行赏，承认他们对旧有领地的支配权，并恩赏新的所领。在政权交替的内乱之时，这一政策对集结各地豪族和武士的力量起了很大作用。源赖朝凭借此策在关东确立了支配地位，并得到院厅的承认和重用。
1181年初，平清盛在战乱中郁郁而终。趁此机会，一直被平氏压制的后白河法皇，希望联合赖朝复兴院厅势力。赖朝也为了策应京都而向院厅表达了讨伐平氏的意图。但院厅并不想灭亡平氏，而是想令源平两氏并存，都对朝廷尽忠，相互牵制。但赖朝拒不接受这种主张。
在源赖朝专心巩固东国根据地之时，源义仲的势力发展很快，1182年7月进驻京都。由于后白河法皇倚重赖朝，引起了义仲的不满，遂与赖朝产生矛盾，相互对立。此时，义仲、平氏、赖朝形成了以京都为中心的三足鼎立局面。赖朝派其弟范赖、义经去讨伐义仲。1184年正月，义仲在近江的粟津战死，赖朝进入京都。继而，义经在长门坛浦一战中，将平氏一族大部分人消灭于濑户内海。平氏政权从此灭亡。
平氏灭亡后，源赖朝声名大振的同胞兄弟源义经代表赖朝，在京都与朝廷交涉，并与院厅的关系更加亲近。后白河法皇为了抑制赖朝的势力，任命义经为检非违使，打乱了赖朝统领御家人的原则。如若允其发展，义经必将成为对抗赖朝的一大势力，因此赖朝决定将其消灭。1185年10月，后白河法皇秘令义经与行家追讨赖朝，却被赖朝事先查知，义经败逃至奥州藤原氏处，赖朝反而乘机取得了追讨义经、行家的院宣。同年11月末，赖朝以追讨义经、行家和整治治安为名，在得到院厅的同意后，宣布将原来在一部分地区私设的守护、地头制度，扩展到全国。每一国设置守护以保障治安，设置地头以检查租税的缴纳，庄园、公领可另征收五升兵粮米。守护、地头的设置，是镰仓幕府具有决定性的一步。从此，赖朝掌握了全国的军事、警察权力。
奥州藤原氏是平安末期藤原清衡在奥州六郡树立的势力，从战力量地理上考虑一直是镰仓的腹背之患。赖朝要确立对全国的统治，必须消灭藤原氏。义经音乐家入奥州，便成为源赖朝消灭奥州藤原氏良机。因此，1188年，赖朝凭借其强大的军事实力，命奥州的藤原氏追讨义经。屈于赖朝的压力，1189年藤原泰衡杀死了义经。赖朝又以杀害义经的罪名，动员全国的地头和御家人，率大军征灭了奥州藤原氏，控制了奥州。1191（建久二）年，赖朝任命伊泽家景为陆奥留守。
通过这次征伐，赖朝进一步巩固了自己的势力，至此全国已无可与赖朝抗衡的武装势力，守护、地头制也更加确定。镰仓幕府已初具规模。
随着奥州征伐的结束，院厅和幕府的关系日益尖锐，随时有可能再次爆发内乱。因此，以前从未谋面的后白河法皇和源赖朝，都迫切希望有一次直接的、面对面的交涉。1190年11月，赖朝在统一全国后，率领主要御家人上京，以臣子的身份拜见了后白河法皇。这次会面，双方在守护、地头的权限和其他行政权力等问题上达成妥协。但赖朝对后白河法皇未能授予其“征夷大将军”的称号极为不满，很快愤然回到镰仓。
1192年3月，后白河法皇去世，以院厅为首的公家势力急剧衰落，亲赖朝派九条兼实控制了朝廷。同年7月，后鸟羽天皇授予赖朝“征夷大将军”。这标志着镰仓幕府的最终建立。
镰仓幕府的确立，使日本政坛出现了双重政权体制，即在京都仍保存皇室政权的同时，在镰仓出现了独立于王朝之外的武士政权。双重政权体制的出现，原因是多方面的，但有两点不可忽略，即建立镰仓幕府的源赖朝本人就是皇族后代，他本能的具有亲近皇室的血统意识；其次，幕府初建，除武功之外，并无一统天下的意识形态权威，皇室仍是日本一面精神上的旗帜。因此，利用天皇的传统权威号令天下，对幕府政权而言，乃是最简便有效的途径。双重政权虽然并存，但权力的天平并不平衡，镰仓幕府以武力为支柱，左右国政，天皇仅是听命于将军的“治天之君”。 [1]
随着镰仓幕府的建立，原来作为赖朝私家机关的各种机构也转变为公立机关，幕府的制度也进行了整顿。赖朝最初的家政机关是1140年设立的侍所。侍所原是御家人宿值警卫之处，镰仓幕府建立后，职责扩大为负责赖朝御所的警卫和镰仓市的安全、统治御家人等，侍所别当的政治权力也相应变大。1184年10月，又设公文所，聘京都的大江广元任别当。公文所主要处理以财政事务为主的一般政务。1185年，赖朝又将公文所改为政所。与公文所一起设置的还有问注所，主要负责裁决，京都法学家出身的三善康信为第一任执事（长官）。
在地方上，赖朝延续了战时的守护、地头制。在全国各地的庄园内，以一国一人为原则，任命有力御家人为守护。守护最初也称为总追捕使、奉行人，后来才逐渐统一为守护。守护的职责称为“大犯三条”，主要是率领管下的御家人警固皇居（京都大番役）、检查和搜捕犯有谋反、杀人等重罪之人。此外，守护还要处理管内社寺、驿路的事务，指挥和监督大番役以外的御家人平日的勤务，传达幕府的法规、任命御家人等。
地头由御家人担任，是幕府派驻在庄园的代表，任务主要是检察、征税、管理土地等。地头分为本领安堵地头和新恩地头。本领安堵大多是原来的大庄园主，赖朝承认他们对旧有所领的支配。本领安堵对所领具有名主、地头两重支配权，庄园农民与他们有更强的隶属关系。新恩地头是立战功的御家人，赖朝将没收的平氏土地赐予他们，成为一方的地头。新恩地头为了巩固自己的在地权力，以地头职和给田为根本，以幕府权力为依靠，加强了对农民的支配。
镰仓幕府的阶级基础是御家人制度。所谓“御家人”就是与源赖朝有主从关系的地方上的土豪、武士。平氏时代，武士们在各自的土地上已经具有了开发领主、地主、名主三重身份。为了维持自己在庄园内的地位，他们将所领寄进于中央贵族名下，并从寄进的庄园领家那里获得管理原属自己所领的实权。赖朝起兵后，支持赖朝的武士成为了赖朝的御家人，被授予守护、地头职。
镰仓幕府建立后，将军给予御家人以本领安堵、新恩地头的职务和其它政治、经济上的权力，称为“御恩”；御家人为将军服役、对将军尽忠，称为“奉公”。奉公的内容主要是担任镰仓和京都的警卫、战时为将军效命等。元朝忽必烈二次侵日时，又增加了“异国警固”的义务。御家人平时的费用由幕府和总领分担，总领负责统辖庶子一族。
这种以土地为媒介而结成的将军和武士主从关系的御家人制度，构成了镰仓武家社会。
镰仓时代初期，仍旧延续了平安时代的古代庄园制。一个庄园由数个“名田”组成，名主从庄园领主处获得名田的私有权，进行自主经营。名主向庄园领主交纳租税，农民向名主交纳“加地子”。这种体制称为“名田经营”。
镰仓中期后，开始有了显著变化。庄园内的大名主、土豪，成为了幕府的地头。他们倚仗幕府的势力，居住在庄园内，代表庄园领主管理庄园。庄园领主把庄园的一切经营全部托于地头，地头每年向领主缴纳一定的年贡和租税，这种形式称为“地头请所”。由于庄园领主们经常会为了“请所”而产生激烈纷争，因此镰仓中期以后，又出现了另一种称为“下地中分”的经营方式，即把庄园耕地和庄内农民分为“地头分”和“领家分”，地头断绝与领家的一切关系，完全独立于领家。通过“地头清所”和“下地中分”这两种方式，地头逐渐转化为在地领主。这种转化，是建立在对农民的支配和管理的基础上的。
总之，镰仓时代的庄园比之古代的贵族领主制，更符合时代的潮流，也进一步巩固和发展了庄园制度，成为镰仓幕府的经济基础。
在镰仓时代，农业、商业和手工业都有明显的发展
农业 镰仓时代，农业成为了各种产业的中心。关东和九州的边境地带，进行了大规模的新田开垦。当时的农民已经掌握了扬谷、脱壳的技术，水稻已有了早稻、晚稻和中稻等几个品种。镰仓中期后，生产力发达的地区已经普遍施行了“二毛作”，即每年种两茬庄稼，并大量施用草木灰、人粪尿等肥料，用水车灌溉。在各地的大庄园内，开始用牛、马来耕地及搬运。
商业 农业的发展，提高了生产力，也带动了商业的发达。平安末期出现的定期市，到了镰仓时代已经非常普遍。社寺、政所的附近，都是定期市的主要地点。市民和商人开始通过货币进行商品交换。奈良、平安时代曾经发行过“皇朝钱”，随着律令制度的衰微被废止。到了12世纪中叶，出现了大量中国宋朝的铜钱，大都是通过与宋朝的贸易输入日本的。宋钱使用极广，以至后来日本朝廷不得不以“动摇物价、衰败朝廷”为由，一度禁止使用。
随着商品交换的发展，在经济发达的京都、奈良等地区，除了定期市外，还出现了很多固定集市和小卖店，商人和手工业者聚集于此。他们还结成“座”，希望得到庄园地头的庇护，以保证他们在商业上的利益。同时，一种被称为“问丸”的行业也在河流、港口出现。他们主要是从事中介业务，用“为替”代替钱，替边远城市运输和贩卖货物。“问丸”已经脱离了与庄园主的隶属关系，成为了独立的货物中介业者和运输业者。
手工业 随着农业生产的发展，手工业技术也有了很大的提高。庄园已普遍栽培桑、麻等作物，农民们掌握了纺布织绢的技术。阿波绢、美浓八丈等各种地方特产，在市场上都非常受欢迎。在镰仓时代，纸张除了书写，还要用来黏糊拉门，需要量很大。还有檀木制的“檀纸”、雁皮制的“鸟子”都流行一时,极受武士阶层的喜爱.
镰仓时代的手工业，已经从农业中分化出来，成为独立的职业。手工业者自己生产商品，拿到市场上交换生活必需品。他们也结成“座”，从属于庄园领主，并直接参与工商业者的经济活动，为室町时代手工业者向商人的转化作了准备。
1199年正月，源赖朝去世，其子赖家继承将军位。赖家缺乏统治御家人的能力，又偏倚妻子的娘家比企氏，轻视幕府的元老们，引起了以北条氏为首的有力御家人的不满。北条氏是赖朝妻子政子的娘家，也是镰仓幕府的重臣。为了巩固幕府的统治，同年4月，北条政子罢免了赖家的诉讼裁判权，重新制定了由北条时政、北条义时、大江广元等十三人共同裁决的集体合议制度，使政局暂时获得稳定，但仍没有消除潜伏着的御家人之间争权的危机，各地反赖家幕府的事件还是不断发生，幕府的统治陷入了困境。在这种情况下，1023年8月，北条政子与北条时政合谋，废黜了赖家，将关西38国的地头职让与其弟千幡，关东28国总守护职让与其子一幡。赖家不甘心失败，勾结比企能员，企图打倒北条氏，结果反被北条氏所败。之后，北条氏拥立千幡（实朝）为镰仓幕府第三代将军。北条时政担任政所别当（当时称执权）。但不久，时政因反实朝失败，引退于伊豆，北条义时继任执权。北条氏为了扩大自己的权力，杀死了当时的侍所别当和田义盛，北条义时集政所、侍所别当于一身，确立了北条氏的霸权。1219年正月，北条义时唆使源赖朝遗子公晓暗杀了实朝，然后北条义时又借此杀害了公晓，从此源赖朝的血统完全断绝。北条氏掌握了幕府的最高权力，北条政子成为幕府的实际最高统治者。
北条氏专权后，面临将军无人继任的问题。因为第三代将军实朝无子，所以北条政子欲选拔一名皇族为将军，但院厅方面对此时而应允，时而反对，最终，拒绝了幕府的要求。幕府的态度十分强硬，义时率千骑人马入京，要求皇族将军东下，不料朝廷的态度也很强硬，再次拒绝了幕府的请求。北条氏只得放弃原案，改迎与源氏有血源关系的左大臣藤原道家之子、两岁的藤原赖经为将军。虽然将军问题解决了，但朝廷与幕府的关系紧张依旧。院厅方面以后鸟羽上皇和顺德上皇为中心，开始秘密筹倒幕。
1221年5月，朝廷集合了北面、西面武士和畿内寺院僧兵的力量，正式发出征讨北条义时的旨令，史称“承久之乱”。面对这种紧急状况，北条政子集合了东国的有力御家人，痛陈源赖朝的恩德和武士阶级的利益，最终统一了御家人们的思想，甚至连准备内应京都的三浦氏也宣誓效忠幕府。6月15日，北条义时之子泰时、弟时房一举攻占京都，粉碎了院厅的阴谋。后鸟羽上皇见事态不好，不得不撤回追讨义时的命令。北条泰时、时房率军进驻京都的六波罗府，处理战后事务。“承久之乱”宣告失败。
“承久之乱”后，幕府废止了后鸟羽上皇的院政，流放了后鸟羽、土御门、顺德三位上皇，拥立与后鸟羽上皇关系疏远的后堀河天皇，并推举西园寺公经为内大臣，掌握朝廷的实权。北条氏没收了原属朝廷的3000余处所领，作为恩赏赐给有功地头。为监督朝廷，维持京都安全及畿内等地区的行政和诉讼，京都的六波罗馆被改为六波罗府，任命北条泰时为六波罗探题，权力仅次于执权。
“承久之乱”使公武双方的力量关系逆转，公家政权开始衰落，以镰仓幕府为中心的武士阶层得到了前所未有的发展。
“承久之变”后，北条义时成功的巩固了北条氏的执权政治。1224年6月，义时去世，时任六波罗探题的北条泰时继任幕府执权。为了确固北条氏的地位，泰时将北条氏一族提升为“家督”，有别于其它的有力御家人。随着北条政子等一些幕府元老的相继去世，政权逐渐集中到泰时一人之手。
为取得武士阶层的信任，泰时进行了一系列改革。首先，他将执权一职由一人增至二人，另一人称“连署”，第一任为由北条时房担任。然后，他又废除了执权的独裁统治，设立由11人组成的“评定众”，与执权、连署一同议政。评定众的地位仅次于执权、连署，由北条氏及其它有力御家人世袭。1249年又设“引付众”，由评定众的长官兼任，管理御家人的诉讼。
执权体制是作为将军独裁制的对立面出现的，体现了武士阶层的意志。泰时的集体合议制受到御家人们的欢迎，提高了北条氏在武士中的威望。
承久之乱后，御家人之间对土地的争夺日益激烈，裁判稍有不公，即会招致御家人们的反对。为了平息纷争，巩固幕府统治，1232年，北条泰时制定了一部武士的重要法规《御成败式目》，又称《贞永式目》。这部法规是基于赖朝以来的武士习惯法制定的，共51条，内容涉及到社寺关系、守护和地头的权限、所领关系、诉讼手续等一系列问题，是武士裁判的重要准则。
《御成败式目》是镰仓幕府武家社会的根本法典，也是第一部武士阶级自己的法典。它标志着武士不再从属于公家，已经成为独立的政治力量。《御成败式目》再次否定了将军的独裁制度，确立了幕府“法治”的政治方针。
13世纪之初，在欧亚大陆上，出现了一个强大的蒙古帝国。成吉思汗和他的孙子忽必烈经过数十年的不懈努力，不仅统一了中国大陆，征服了中亚和南亚，而且远征欧洲，所向披靡，而征服近邻日本自然也是其中的目标之一。
1268年，忽必烈通过高丽国寻求与日本的国交，试图迫使日本屈从。此时幕府的执权是北条时宗，他果断的拒绝了蒙古的要求，并对蒙古入侵作了准备。翌年9月，蒙古使者赵良弼奉命出使日本，遭到日本幕府的驱逐，两国状态一触即发。
1247（文永十一）年10月，忽必烈派忻都、洪茶丘率领蒙古、高丽联合军队3．3万余人，战船900余艘，由朝鲜半岛的合浦出发，进攻日本。他们首先在对马岛登陆，接着又打败壹歧守军，侵入肥前的松浦郡沿岸。尽管松浦氏顽强抵抗，仍未能抵挡蒙军的进攻。10月20日，蒙古军侵入博多湾。以大友氏为首的九州御家人们集结在博多顽强抵抗，但面对蒙古军的集团战法和铁炮等新式武器，日本军队仍处于不利形势，不得不退至水城。蒙古军占领了博多和箱崎，但伤亡不小，因此暂时退回船上休整。不料，一夜忽遭暴风雨，蒙古军舰船大都破损沉没，军队死伤惨重，不得不罢兵回国。这就是“文永之役”。此役之后，幕府为了防范蒙古军再次入侵，加强了博多的警卫，新设“异国警固番役”。
忽必烈并不甘心第一次的失败，加紧准备二次征日。1271年11月，蒙古国改元为元朝。1275年到1279年，元朝先后派使者杜世忠、周福到达日本，却都被北条时宗斩首，幕府的态度十分强硬。1281（弘安四）年，忽必烈发动第二次侵日战争。此次元军分成东路军和江南军。从合浦出发的东路军首先攻下了对马和壹歧，逼近博多湾，但由于日本守军的顽强抵抗，登陆未能成功，因此暂退至鹰岛，等待与江南军会合。江南军从宁波出发，不久即达九州沿岸，两军汇集在鹰岛，准备一举攻入博多湾。不料又遭到大风雨的袭击，舰船大部分沉没，元军大败而归，史称“弘安之役”。
其后，由于军费过重及江南人民的反元起义，忽必烈对于第三次侵日已是有心无力，因此停止了对日本的进攻。关于两次侵日的失败的原因，中日学者大多认为，暴风雨固然是原因之一，但主要还是因为日本军民的英勇抵抗和不屈斗争；元军不习海战；被征的高丽兵、宋兵士气不振等。
对蒙古的侵略战争的抵抗虽然取得了胜利，但也对镰仓幕府的政治、经济产生了深刻影响。国内的种种社会矛盾日益严重，其中之最是恶党问题。
镰仓幕府虽在文永、弘安之役中取胜，却背上了沉重的财政包袱，无力再给有功的御家人以土地和金钱上的赏赐，使御家人赖以生存的经济基础逐渐丧失，幕府与武士间的主从关系也开始松懈。对幕府不满的下层武士和庄民联合起来组成“恶党”，反抗幕府的统治。有时，御家人还与非御家人联合，表现出了地域上集结的倾向。“恶党”的存在，给幕府以极大威胁。从文永、弘安时期开始，幕府就曾多次发出过“恶党镇压令”。
在“恶党”问题日趋严重的同时，幕府御家人，特别是中下层御家人的日益贫困，导致幕府与御家人关系紧张。为了缓解矛盾，维持双方的主从关系，确保御家人的经济利益，1297年，幕府颁布了“德政令”：御家人因贫困而转卖的土地可由原主无偿收回；御家人所欠债务一概取消，不用偿还；御家人的债主不得就债务问题向幕府申诉。“德政令”的目的是为保证御家人的所领，救济御家人的经济，但实施过程中的种种障碍，迫使幕府不得不在第二年就将其废除，幕府的权威愈加丧失。
在内外的双重威胁下，幕府感到只有强化专制制度才能巩固统治，解除危机。北条时赖任执权时，经常弃集体合议制于不顾，在私邸召开秘密会议。蒙古入侵后，最高决议机关“评定众”已形同虚设，形成以北条氏家督（得宗）为中心的专制体制，称为“得宗专制”。北条氏一门占据了评定众、引付众等幕府要职和各地方的守护职，使幕府地方机关完全处于得宗的支配下。得宗的家臣、被称为“御内人”的北条氏嫡系御家人们依仗得宗的权势，极度扩张自己的势力，引起了被称为“外样”的一般御家人的强烈不满。时宗去世后，御内人代表平赖纲和外样代表安达泰盛发生冲突，结果安达泰盛一族被全歼，史称“霜月骚动”。此后，作为镰仓幕府阶级基础的御家人制度开始瓦解，镰仓幕府的统治岌岌可危。
13世纪中叶后，皇室分成后深草上皇的持明院统和龟山天皇的大觉寺统两派，开始了长达半个世纪的皇室内部争斗。
1318年，大觉寺统的后醍醐天皇即位，决心恢复皇室权威。他废除了多年的院政，实施亲政。后醍醐天皇认识到要夺回实权，必须清除幕府这一障碍。为改变长期皇权旁落的局面，后醍醐天皇以诗会、游艺为名，在日野资朝等大臣的协助下，秘密筹划倒幕，并决定在北野祭这天起兵。但计划却被幕府得知，事先逮捕了日野资朝等几名主要大臣，并将他们流放，第一次倒幕运动失败。此事发生于1324（正中一）年，史称“正中之变”。
后醍醐天皇并未因此放弃他的计划，他集结了各大社寺僧兵和近畿的武士，准备再次倒幕。1331年，大臣吉田定房向幕府告密，计划败露。大臣日野俊基被捕，天皇仓皇出逃，在赤坂城起兵的楠木正成也被幕府军打败，史称“元弘之乱”。幕府废除后醍醐天皇，立光严天皇，后醍醐天皇被流放于隐歧。第二次倒幕又告失败。
虽然“元弘之乱”失败，但以近畿、东国为首的各地武士和农民的反幕府运动此起彼伏。流放于隐歧的后醍醐天皇仍在筹备第三次倒幕。1332年，护良亲王首先在吉野起兵，楠木正成于河内呼应。1333年，各地豪族都举起了反幕大旗。幕府派当时最有力的御家人足利高氏去京都平乱，但早已不满北条氏专制的足利高氏中途反戈，一举击溃了京都六波罗府。接着，新田义贞又攻下镰仓，最后一代执权北条高时自杀，镰仓幕府宣告灭亡。
平安末期，日本政府规定除了得到许可的入宋巡礼僧外，国人一概不得出海。针对中国商船的频繁来航有违日本紧缩方针的现象，制定了“每三年一航”的规定。但从11世纪开始，庄园制进一步成熟，贸易管理逐渐懈怠，宋商船的来航限制已有名无实。庄园领主和大宰府的商人们不再满足于被动的贸易，开始秘密地向宋派出商船。到了平清盛掌权的平家时代，对外贸易的态度更加积极。
镰仓初期，幕府沿用平氏方针，承认民间的自由贸易，日本商船赴宋更盛。到了中期，幕府也开始派自己的商船入宋。《宋史·日本传》中，有宋朝1176年、1183年、1183年、1200年、1202年日本商船漂至宋朝的记录。“倭人冒鲸波之险舳舻相衔，以其物来售” [2] ，由此可推测到当时渡宋的盛况。
日本的贸易最初由大宰府管理，指定鸿胪馆前的海岸为贸易港．宋船入港后，朝廷优先挑选购买宫中所需之物，然后再与民间交易，价格也由政府规定。到了镰仓时代，有力贵族、寺院的庄园扩展到全国，而且拥有“不输不入权”。宋商趁此机会，将船泊于庄园管辖的港口，避开大宰府，直接与庄园主进行密贸易。这样，在九州的博多湾等海岸，出现了很多以庄园为依托的秘密贸易港，而鸿胪馆则渐被荒废。博多、箱崎等贸易港交易繁盛，赴日的宋商也多有长期居留于此者。
当时，从宋朝输入日本的商品种类很多，有铜钱、织绢、香料、药品、砂糖、茶叶、珍禽异兽等等，其中铜钱的输入尤其值得注意。从北宋起，宋朝铜钱就开始大量外流，朝廷虽屡下禁令仍难以抑制，到了南宋一度出现了“钱荒”。宋钱在日本流传非常广泛。
日本也有很多商品通过宋日贸易输入宋朝，其中以工艺品居多。日本的时绘、螺钿、水晶、扇子、刀剑等精美的工艺品，都极受宋人的喜爱。宋朝的著名诗人欧阳修有《日本刀歌》一诗，赞美日本刀之精。宋日僧侣之间也常互赠工艺品。此外，建造寺院用的杉板、罗木和黄金也是主要的输入品。
日本与元朝的关系并不好，由于忽必烈发动了两次侵日战争，致使两国交恶数十年。元日间虽无国交，但民间的商船往来却相当频繁，尤胜宋朝。
与宋日贸易不同的是，元朝时期两国民间贸易的商船几乎都是由日本驶往元朝的。元朝仿照宋制，在广州、泉州、庆元设提举市舶司，作为对日的贸易港。但因为地理位置的关系，绝大多数的日本商船都泊在庆元。日本的贸易港仍是博多，所以元日间的商船大都往来于此两港之间。
日本船开到元朝后，由当地市舶司发给证明身份的文件——公凭和公验，然后经过市舶司的抽分，方可进行货物交易。
元朝输入日本的商品主要有铜钱、经卷、书籍、佛教用具、茶具、绘画等等，其中铜钱仍是主要的输入品之一。据载，“日本遣商人持金来易铜钱” [3] ,说明中国铜钱在当时的日本还是很受欢迎的。虽然元朝政府曾一再禁止铜钱外流，但大量的铜钱还是通过民间贸易输入了日本。元朝的经卷、书籍输入日本的量也很大。元弘年间输入日本的宋版《一切经》，就是日本商船带回的。镰仓时代社会上流传的中国儒家、道家的经典，如《论语》、《老子》等都是从元朝传入的。佛教用具和茶具在禅僧和上流社会中极为流行。自荣西从中国带回茶种并大力提倡以来，喝茶之风在僧侣中已相当普遍。至于从日本输入元朝的商品，虽无确切资料可考，但估计大体与宋代相同，主要是黄金、刀剑和螺钿、扇子等工艺美术品。
在镰仓时代，中日僧侣间的交往非常频繁，出现了很多名留史册的入宋僧。他们乘商船入宋，学习南宋的佛教和文化，再将其带回日本。
镰仓前期的入宋僧，继承北宋时的入宋僧的传统，即巡礼圣地，瞻仰佛迹。江南著名的禅宗五山十刹，尤其是径山、天童山、育王山都是入宋僧必去之处。当时入宋僧主要进修律宗和禅宗。律宗传入日本已久，但到平安中叶以后，日趋势微。镰仓正治年间，俊艿率弟子二人入宋，先后师从南宋五山十刹的高僧学习律宗，留学十三年方回。回国后，在京都开创泉涌寺，弘扬律宗。俊艿是入宋学习律宗的代表人物，其后，他的很多弟子也陆续入宋，进一步传习戒律。禅宗虽然早已传入日本，却一直未能兴盛。因此，禅宗的再次传入也就成了必然的趋势。荣西入宋后，师事黄龙派虚庵怀敞，学习临济禅，回国后开寿福寺、建仁寺，大力倡导禅风，日本禅宗从此开始兴盛，荣西也被尊为日本临济宗的开山之祖。荣西之后，其弟子明全、道元也相偕入宋，道元在宋朝习得正统曹洞宗，成为日本曹洞宗之祖。其后又有圆尔辨圆、无关普门、约翁德俭等日本禅僧相继入宋，宋末时达到入宋僧的高潮。
入宋僧除了学习佛教以外，还搜集了很多经书、教义和其它方面的典籍，带回日本，最重要的是宋版《大藏经》。《大藏经》的传入，直接和间接的刺激了日本印刷业的发展。除《大藏经》外，入宋僧还带回了律宗、天台宗、华严宗等宗派经卷上千册。南宋儒学发达，儒家经典也是入宋僧的必携品。俊艿就曾带回儒家书籍200余册，圆尔辨圆也带回典籍上千卷。这些典籍对于日后五山文学的兴盛起到了重要作用。
除经卷和典籍外，入宋僧们还带回了很多宋朝的佛具、艺术品和特产。据记载，曾三次入宋的俊艿，带了佛舍利、普贤舍利、如庵舍利、释迦碑文、水墨罗汉画等物品回日本，其中水墨罗汉像对日本后世的罗汉像有很大影响。在入宋僧的随携品中，特别应该记述的是茶种。荣西将茶种和喝茶的风气从宋朝带到日本，并著《吃茶养生记》，使吃茶之风在禅僧中流行和兴盛，以至后世有“茶禅一味”之说。
随着宋日交流的频繁和日本禅宗的兴起，除了日僧的大量入宋外，也有不少南宋僧人前往日本。据学者研究，镰仓时代前往日本的宋僧共有14人 [4] 。最早的是1246年赴日的兰溪道隆和他的弟子义翁绍仁。道隆先到京都，后受北条时赖之邀，去镰仓开创了日本第一个禅宗道场。1253年，时赖在镰仓造建长寺，请道隆任住持。
道隆之后，南宋名僧兀庵普宁也于1260年抵达日本博多，后到京都，又受北条时赖之请到镰仓，继道隆之后住持建长寺。虽然普宁在日本只住了五年，却很受北条时赖的尊敬和推崇，他所信仰的禅宗也很快在武士间流行，对后来禅宗与武士的结合起了很大作用。
普宁之后，又陆续有无相静照、大休正念、西涧士昙、诠藏主、英典座和无学祖元等宋僧赴日。他们到日本后，在镰仓武士间大力宣传禅风，使很多武士都开始信仰禅宗。当时幕府的执权北条时赖甚至亲自研习禅理，参禅悟道。禅宗“立处皆真、随处为主”的宗旨，使武士们能看透生死，对日本武士道的发展有很大影响。
元朝建立以后，特别是文永、弘安之役后，入元的日僧日渐增多，可以查到姓名的有220余人之多。与入宋僧不同的是，入元僧除了研习佛教、体验禅宗生活之外，游览江南的山川风物、体验江南的情趣之美，也是目的之一。江南的名寺古刹就是他们参谒的对象。
在入元僧回日的随携品中，有大量元朝禅僧的语录。这些语录，在日本作为范本翻刻重印，被日僧奉为经典，如《景德传灯录》、《五灯会元》等元代广泛流传的书，在日本也非常流行。这些禅宗语录的翻印，促进了日本雕版印刷和出版事业的发展。入元僧还带回了大量汉文书籍。受中国禅僧用文字表现禅法的风习，日本禅僧也开始用汉文作佛偈、写法语，对日本汉文学的发展有不小的影响。
除了入元僧外，元朝僧侣赴日者也是络绎不绝，但相对于入元僧来说，数量则要少的多。一些著名的元朝僧人，受镰仓幕府之邀，赴日主持寺院，发扬中国禅宗，对日本文化的各个领域都有很大的影响。
最早赴日的元僧是一山一宁。1299年，一山一宁受元朝政府派遣，搭乘日本商船到达日本。他到日本后，幕府执权北条贞时认为他是元朝奸细，将他流放到伊豆，数年后才请他到镰仓，主持建长寺。一山一宁先后在镰仓、京都广开法席，宣讲佛法，历时20余年，极受日本臣民的尊崇。他在日本圆寂后，当时的上皇赐予国师的封号，并赞他为“宋地万人杰，本朝一国师”。一山一宁本身也是一位知识渊博的学者，通晓历史和文学，擅长书法，对日本的思想、文化等方面的发展有着不可忽视的影响。
一山一宁之后，北条氏屡屡派人入元，聘请元朝的高僧。清拙正澄、竺仙梵仙、明极楚俊都是受邀而赴日的。清拙正澄于1326年到达日本，先达京都，后到镰仓，也曾主持过建长寺，是渡日元僧中最杰出的一位。他还在信浓建开善寺，并与信浓和其他地方的有力武士关系密切，对武士们的禅宗信仰影响很大。他著有《大鉴略清规》等著作，对日本当时禅林的规矩和日后日本的礼法有相当的影响，武家礼法就是按照他制定的禅林规矩而制定的。明极楚俊和竺仙梵仙于1329年到达日本。他们到达时，已是镰仓末期，战乱不断，但他们还是受到了幕府的优待，受聘为各地名寺的主持。他们积极宣扬禅法，感化了很多公卿武士。他们还擅长宋元诗文，对日本五山文学的发展有不小的作用。
镰仓时代是日本佛教史上的重要时代，创立了一些新的宗派。其中，从中国传入日本的净土宗、从净土宗派生的时宗、日本独有的净土真宗和日莲宗是比较重要的四个宗派。
净土宗 发源于中国，唐朝时由入唐僧圆仁传入日本。最初，净土宗只是依附于其他宗派。9世纪时，天台僧源信（942 — 1017）著《往生要集》一书，追求“往生净土”，倡导极乐世界。源信被尊为日本净土宗的开拓者，其著作也被当作净土宗的重要典籍。法然上人（1133 — 1212）是日本净土宗的正式创始人。他本名源空，1175年，读唐善导的《观经疏》有悟，决意舍其它诸宗，开创净土宗。在京都东山大谷结庵，力主专修念佛，可往生及乐。由于他的修行方法简便，得到了上至皇族、下至庶民的普遍欢迎，一时从者甚众。法然曾因私度宫女出家，而被天皇处以流刑，但他圆寂后还是被授予“圆光大师”的谥号。著有《选择本愿念佛集》、《往生要集大纲》等，是日本净土宗的重要典籍。
时宗 从净土宗派生的镰仓时代新兴教派之一，创始人为一遍上人（1239 — 1289）。一遍最初入比睿山延历寺学习天台宗，后赴大宰府皈依净土宗。35岁时，参悟了往生念佛的要旨，创立时宗。一遍主张“一心不乱”专念“阿弥陀佛”的名号，即可往生极乐。他曾手举念佛牌，口诵“南无阿弥陀佛”，游走全国，“决心往生六十万人”，以宣传自己的信念和主张。他的足迹北至奥州，西至四国、九州，巡游六年间，得信徒250余万人。
净土真宗 也称真宗、一向宗，是日本特有的教派。创始人亲鸾（1173 — 1262），号“见真大师”，9岁出家学习天台宗，29岁师从法然上人学净土宗教义。因1207年净土宗遭禁而被流放越后国府，五年后得赦免，移居关东常陆。著《教行信正文类》六卷，正式开创净土真宗。亲鸾注重信念，强调内心信仰，提出“恶人正机说”，认为即使是恶人，只要诚信阿弥陀佛，死后一样可以往生净土。他还主张“僧俗一样”，不反对僧侣食肉娶妻，他自己就曾娶妻生子，表现出与传统佛教的对立。亲鸾的理论赢得了很多信徒，对后世影响很大，特别在战国时代有很大的发展，产生了“真宗十派”。
日莲宗 也称“法华宗”，1253年在清澄山创立，创始人为日莲（1222 — 1282）。日莲16岁出家，游历日本后，提出了著名的“四条格言”，将净土宗、禅宗、密宗、律宗一概斥为“邪教”，只有“南无妙法莲华经”才能拯救世界。日莲著有《立正安国论》，其中批判幕府政治，认为按“正法”治政，国兴，反之将招致国亡，因此屡遭幕府斥责和流放。日莲宗在民间流传很广，对后世影响较大。
镰仓时代的禅宗有临济宗和曹洞宗两派。
前文所述临济宗开山祖是荣西， 1191年，他从中国回国后，先后在博多圣福寺、京都建仁寺传布临济宗，因遭到南都和睿山诸宗的反对而难以流行。后来，荣西受到将军源赖朝之请，到关东地区传播禅宗。
曹洞宗的开山祖是道元。1223年，道元入宋，在天童山如净禅师门下修禅三年，继承了如净的衣钵和临济宗的教义回国，深受幕府的青睐。
荣西著有《兴禅护国论》，力说禅宗的国家性，极有利于幕府统治。幕府要人北条政子、源实朝、北条氏一族和御家人足利氏都皈依此宗。曹洞宗则受地方武士阶层的欢迎。道元著有《护国正法义》、《正眼法藏》等，宣扬曹洞宗才是护国正法，同时提倡参禅第一的思想。他的学说既与京都旧教团不同，又有别于镰仓的临济宗，因此受到朝廷和幕府的冷遇，但受到各地地头领主阶层的欢迎。 [5]
综上可知，镰仓佛教虽有诸多创新，但皆与宋元时代中国的佛教教义和教派有直接和间接的关系。与前代的各种“贵族宗教”相比，镰仓佛教可谓是“平民佛教”，大多没有复杂的理论体系，教义简洁易懂，注重信念和修行。针对当时的社会正处于两种制度和思潮的交替期的状况，镰仓佛教大都倡导否定现实，祈求净土，绝对信仰往生极乐，因此容易吸引下层武士和一般平民，尤其在民间非常盛行。当时的一些农民起义也往往借助新兴宗教的力量，团结起来反抗封建领主，如1488年加贺国净土真宗的农民起义、16世纪各地的“一向宗”起义等。
镰仓时代的文学，是从古代到中世的转形期文学。这个过渡时期的文学，一方面承袭了平安时代以来的古代贵族遗风，无论是创作态度还是作品内容，都非常传统和保守，但已趋没落。以后鸟羽院的宫廷歌坛为中心的《新古今和歌集》，是日本的三大和歌集之一，共收录和歌20卷1980余首，其中除了前代和歌，还收录了大量镰仓当代的名家之作，表现了古典和歌洗练、幽美的境界。镰仓幕府的第三代将军源实朝所作的《金槐和歌集》，以感伤的笔触书写了作者在北条氏压迫下的郁闷和寂寞。此外，藤原定家的《敕撰集》、宗良亲王的《新叶集》等也是当时的优秀作品。
这一时期描写贵族的物语虽然大都模仿前代，描写贵族糜烂的生活，缺乏新意和活力，但也出现了《源氏物语》这样的传世之作。它形象的描述了当时上流社会的争斗和男女青年贵族的爱慕、欲望和空虚，是平安时代中后期贵族社会的真实写照。另一方面，随着武士阶级的成长壮大，出现了很多以武家社会为中心的文学作品，并逐渐成为镰仓文学的主流，其中最引人注目的是军记物语的兴起。军记物语是以武士为主题的小说，起源于平安时代的《将门记》、《陆奥话记》等汉文题材文学作品，其中《平家物语》是最杰出的一部作品。它通过平氏一门的盛衰，表现了诸行无常、盛者必衰的佛理。这部作品在日本文学史上有很大影响，其开篇的“祗园精舍的钟声，鸣诸行无常之响；婆娑双树的花色，呈盛者必衰之理”四句，更成为脍炙人口的佳句。《保元物语》、《平治物语》也是军记物语的代表作。《今昔物语》、《宇治拾遗物语》是两部通过口头传诵记录下来的“说话集”。“说话集”初现于平安末期，成型于镰仓时代。
镰仓时代还出现了不少佛教文学，有佛教说话集和随笔集，如鸭长明的《方丈记》、吉田兼好的《徒然草》等。它们大多用佛教观念对贵族生活进行尖锐的批判，给传统守旧的文坛带来一股清新的感觉。这些作品带有强烈的宿命观，也含有一些消极的思想，表现出中世隐者文学的特点。
建筑 镰仓建筑以佛教建筑为主。由于前代的兵火战乱，佛教寺院损毁严重，因此进行了大规模的修整。随着中国禅宗的传入，宋代的建筑风格也极大的影响了日本建筑界。镰仓时代是中国建筑样式的第二次传来期，在日本建筑史上有重要的地位。
镰仓时代的建筑主要有三种形式，即“大佛样”（又称“天竺样”），主要是模仿中国南方寺院的建筑风格；二是 “禅宗样”，其典型建筑是镰仓的圆觉寺舍利殿，精美细致，与豪放大气的“大佛样”有着显著的不同；三是“和样”，即传统的日本样式，也曾一度复兴。
雕刻 镰仓时代的雕刻艺术主要是佛像的雕刻。初期采用“玉眼”的雕刻手法，代表作是1151年建造的奈良长岳寺阿弥陀三尊像，佛像的眼睛用水晶嵌入。这种技法成为镰仓雕刻的基本特点之一。
镰仓初期最著名的佛像雕刻师是康庆，现存的作品有兴福寺南圆堂的不空绢索观音、四天王、法像六祖等，体现了镰仓雕刻生动写实的特色。1203年建造的东大寺南大门的金刚力士像，是康庆之子运庆和快庆共同建造的。他们的作品以写实为基调，结合了前代的唯美主义和镰仓的武士风格，体现出强烈的日本民族精神。
康庆之后，迎来了镰仓雕刻艺术的颠峰期。这一时期的雕刻，深受宋朝美术的影响，加入了很多宋朝工艺。其中高德院金铜阿弥陀如来坐像（即镰仓大佛）是当时规模最大、工艺最精的雕像，可见镰仓时代雕刻水平之高。
绘画 镰仓绘画主要以佛教绘画与水墨画为主。
随着净土宗的广泛传播，以净土教为内容的佛画也日渐流行。佛画大多是阿弥陀来迎图，与净土宗教义一致，在题材、人物、布景等方面都与平安时代的佛画有很大的不同。镰仓后期的佛画已不再仅仅是绘画，而成为了一种有社会背景、故事情节、流行于民间的“绘卷物”，大都具有很明显的净土思想，如《地狱草纸》、《饿鬼草纸》等。
宋朝禅林流行的“顶像画”也传到了日本。顶像画即禅宗祖师的肖像，以荣西把其中国师父虚庵怀敞的顶像画带回日本为始。顶像画以写实为主，以显示像主的真实精神风貌为目的，整体画面虽不如前代佛画美观，但着色和线条均可与之比肩。
除了佛教绘画外，还有表现民间社会的世俗绘画，以水墨画居多。相对于平安时代具有浓厚唐朝风格的日本画“唐绘”，镰仓时代的日本画被称为“大和绘”。
曲艺 “今样”是盛行于院政时期的一种新式歌谣，镰仓的贵族和武士们都很喜欢吟唱，在镰仓时代极为流行，被称为“郢曲”、“郢律舞曲”。前代的《梁尘秘抄》是收集“今样”最多的一本集子，惜大部分失传。现存最多的是记录在《古今目录抄》纸背文书上的“今样”，共64 首。
镰仓时代的流行的“和赞”，是一种朗咏艺术，多被镰仓时代的新兴佛教用来传播教义。“和赞”其实就是以和歌形式创作的顺口溜，明白浅薄，通俗易懂，在民间流传很广。
镰仓时代广泛存在着被称为“琵琶法师”的艺人，〈〈平家物语》、《保元物语》、《平治物语》等军记物语，大都是由他们记录流传的。他们大多是以琵琶伴奏为主的盲人作家，演奏的曲子称为“平曲”，一般用于神社祭祀时。《平家物语》是最早的“平曲”，后来经过发展创新，在镰仓中期流行一时。
平安时代有一种以滑稽模仿为主的演剧“贱民猿乐”，到了镰仓时代，又加入歌谣、舞蹈、合唱等形式，形成了一种完整的艺术——“猿乐”。镰仓时代的猿乐是形成后世“能乐”即室町时代 “大和猿乐”的鼻祖。
[1] 王金林：《日本天皇制及其精神结构》，天津人民出版社， 2001 年，第 86 ～ 87 页。
[2] 《开庆四明续志》卷八。
[3] 《元史·日本传》。
[4] 木宫泰彦：《中日文化交流史》，胡锡年译，商务印书馆长， 1980 年 4 月。
[5] 王金林：《日本天皇制及其精神结构》，天津人民出版社， 2001 年，第 109 ～ 111 页。
参考书目
王晓秋等：《中日文化交流史大系 1 历史卷》，浙江人民出版社， 1996 年 12 月。
张声振：《中日关系史》，吉林文史出版社， 1986 年 4 月。
王守华、卞崇道：《日本哲学史教程》，山东大学出版社， 1989 年 5 月。
木宫泰彦：《中日文化交流史》，胡锡年译，商务印书馆， 1980 年 4 月。
依田熹家：《简明日本通史》，卞立强、李天工译，北京大学出版社， 1989 年 7 月。
《图说日本文化史大系 5 镰仓时代》，小学馆。
村上专精：《日本佛教史纲》，杨曾文译、汪向荣校，商务印书馆， 1981 年 11 月。